Advances in quantitative high-throughput phosphoproteomics with sample multiplexing.
Advances in quantitative high-throughput phosphoproteomics with sample multiplexing.
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DOI：
10.1002/pmic.202000140
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发表时间：
2021-05
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Schweppe DK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulo JA;Schweppe DK
真核蛋白磷酸化调节几乎每一个主要的生物过程。磷酸化调节蛋白质活性，介导细胞信号转导，并操纵细胞结构。因此，激酶和磷酸酶途径的失调与许多疾病有关。基于质谱的蛋白质组学技术越来越多地用于基于磷酸化的细胞信号转导中的扰动的全局询问。研究磷酸化蛋白质组的策略需要利用先进的LC-MS/MS技术和下游信息学对磷酸化位点进行高特异性富集、灵敏检测和准确定位。与同量异序标签的样品复用也已成为磷酸化蛋白质组学研究的通量和灵敏度的最新进展的组成部分。磷酸化蛋白质组学分析的这些方面中的每一个都提出了不同的挑战，因此也带来了改进和创新的机会。在这里，我们回顾了目前的方法，探讨持续的挑战，并讨论了基于同量异位素标签的定量磷酸化蛋白质组学分析的前景。
Eukaryotic protein phosphorylation modulates nearly every major biological process. Phosphorylation regulates protein activity, mediates cellular signal transduction, and manipulates cellular structure. Consequently, the dysregulation of kinase and phosphatase pathways has been linked to a multitude of diseases. Mass spectrometry-based proteomic techniques are increasingly used for the global interrogation of perturbations in phosphorylation-based cellular signaling. Strategies for studying phosphoproteomes require high-specificity enrichment, sensitive detection, and accurate localization of phosphorylation sites with advanced LC-MS/MS techniques and downstream informatics. Sample multiplexing with isobaric tags has also been integral to recent advancements in throughput and sensitivity for phosphoproteomic studies. Each of these facets of phosphoproteomics analysis present distinct challenges and thus opportunities for improvement and innovation. Here, we review current methodologies, explore persistent challenges, and discuss the outlook for isobaric tag-based quantitative phosphoproteomic analysis.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2015.01.160
发表时间：
2015-03-13
影响因子：
3.1
作者：
Du Shi-lin;Xue Yuan;Tong Chao-yang
通讯作者：
Tong Chao-yang
影响因子：
46.9
作者：
Devabhaktuni, Arun;Lin, Sarah;Elias, Joshua E.
通讯作者：
Elias, Joshua E.
影响因子：
48
作者：
Browaeys, Robin;Saelens, Wouter;Saeys, Yvan
通讯作者：
Saeys, Yvan
影响因子：
46.9
作者：
Ficarro, SB;McCleland, ML;White, FM
通讯作者：
White, FM
影响因子：
7.4
作者：
Alpert, Andrew J.;Hudecz, Otto;Mechtler, Karl
通讯作者：
Mechtler, Karl