I-TASSER-MR: automated molecular replacement for distant-homology proteins using iterative fragment assembly and progressive sequence truncation.
I-TASSER-MR: automated molecular replacement for distant-homology proteins using iterative fragment assembly and progressive sequence truncation.
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DOI：
10.1093/nar/gkx349
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Virtanen J;Xue Z;Zhang Y
分子置换 (MR) 是解决 X 射线晶体衍射中相位问题最常用的技术之一。然而，当查询和模板之间的序列同一性降低时，MR 的成功率会迅速下降，而 I-TASSER-MR 服务器旨在解决缺乏紧密同源模板的蛋白质的相位问题。从序列开始，它首先使用 I-TASSER 通过迭代结构片段重组生成全长模型。然后使用渐进序列截断程序根据结构装配模拟的局部变化来编辑模型。接下来，将编辑后的模型提交给 MR-REX，通过复制品交换蒙特卡罗模拟来搜索晶体晶胞中的最佳位置，CNS 使用定相结果进行最终的原子模型细化和选择。 I-TASSER-MR 算法在大规模基准数据集中进行了测试，与使用最佳线程模板相比，解决的目标数量增加了 36%。服务器将主序列和原始晶体衍射数据作为输入，输出包含注释的相位信息和精细的结构模型。它还允许用户在设置 B 因子和用于分阶段的模型数量的不同方法之间进行选择。在线服务器可在 http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER-MR 免费获取。
Molecular replacement (MR) is one of the most common techniques used for solving the phase problem in X-ray crystal diffraction. The success rate of MR however drops quickly when the sequence identity between query and templates is reduced, while the I-TASSER-MR server is designed to solve the phase problem for proteins that lack close homologous templates. Starting from a sequence, it first generates full-length models using I-TASSER by iterative structural fragment reassembly. A progressive sequence truncation procedure is then used for editing the models based on local variations of the structural assembly simulations. Next, the edited models are submitted to MR-REX to search for optimal placements in the crystal unit-cells through replica-exchange Monte Carlo simulations, with the phasing results used by CNS for final atomic model refinement and selection. The I-TASSER-MR algorithm was tested in large-scale benchmark datasets and solved 36% more targets compared to using the best threading templates. The server takes primary sequence and raw crystal diffraction data as input, with output containing annotated phase information and refined structure models. It also allows users to choose between different methods for setting B-factors and the number of models used for phasing. The online server is freely available at http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER-MR.
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影响因子：
2.9
作者：
Zhang, Yang
通讯作者：
Zhang, Yang
DOI：
10.1107/s0907444910051218
发表时间：
2011-04
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Bunkóczi G;Read RJ
通讯作者：
Read RJ
影响因子：
3.4
作者：
Zhang, Y;Kolinski, A;Skolnick, J
通讯作者：
Skolnick, J
DOI：
10.1107/s0907444904010145
发表时间：
2004-07-01
影响因子：
2.2
作者：
Schwarzenbacher, R;Godzik, A;Jaroszewski, L
通讯作者：
Jaroszewski, L
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH