Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factors in complex tissues.
Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factors in complex tissues.
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DOI：
10.1038/s41587-021-00869-9
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发表时间：
2021-07
影响因子：
46.9
通讯作者：
Castelo-Branco G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bartosovic M;Kabbe M;Castelo-Branco G
与测量基因表达和DNA可及性的单细胞方法相反，分析组蛋白修饰的单细胞方法受到低灵敏度和吞吐量的限制。在这里，我们结合了用于测量大量组蛋白修饰的剪切技术，以及基于液滴的单细胞库准备，以生成有关染色质修饰的高质量单细胞数据。我们在小鼠中枢神经系统（CNS）的成千上万细胞上应用单细胞切割和TAG，以及活性启动子，增强子和基因体的探针组蛋白修饰（H3K4ME3，H3K27AC和H3K36ME3）和非活动区域（H3K27ME3）。这些SCCUT和TAG曲线足以确定细胞身份和反应调节原理，例如启动子双价性，H3K4ME3的扩散以及启动子增强剂连接性。我们还使用SCCUT＆TAG研究了转录因子OLIG2和粘蛋白复合物分量RAD21的单细胞染色质占用率。我们的结果表明，单细胞分辨率下组蛋白修饰和转录因子占用率的分析为CNS中表观基因组景观提供了独特的见解。
In contrast to single-cell approaches for measuring gene expression and DNA accessibility, single-cell methods for analyzing histone modifications are limited by low sensitivity and throughput. Here we combine the CUT&Tag technology, developed to measure bulk histone modifications, with droplet-based single-cell library preparation to produce high-quality single-cell data on chromatin modifications. We apply single-cell CUT&Tag on tens of thousands of cells of the mouse central nervous system (CNS) and probe histone modifications characteristic of active promoters, enhancers and gene bodies (H3K4me3, H3K27ac and H3K36me3) and inactive regions (H3K27me3). These scCUT&Tag profiles were sufficient to determine cell identity and deconvolute regulatory principles such as promoter bivalency, spreading of H3K4me3, and promoter-enhancer connectivity. We also used scCUT&Tag to investigate the single-cell chromatin occupancy of transcription factor Olig2 and the cohesin-complex component Rad21. Our results indicate that analysis of histone modifications and transcription factor occupancy at single-cell resolution provides unique insights into epigenomic landscapes in the CNS.
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影响因子：
14.9
作者：
Khan A;Fornes O;Stigliani A;Gheorghe M;Castro-Mondragon JA;van der Lee R;Bessy A;Chèneby J;Kulkarni SR;Tan G;Baranasic D;Arenillas DJ;Sandelin A;Vandepoele K;Lenhard B;Ballester B;Wasserman WW;Parcy F;Mathelier A
通讯作者：
Mathelier A
影响因子：
64.5
作者：
Benayoun BA;Pollina EA;Ucar D;Mahmoudi S;Karra K;Wong ED;Devarajan K;Daugherty AC;Kundaje AB;Mancini E;Hitz BC;Gupta R;Rando TA;Baker JC;Snyder MP;Cherry JM;Brunet A
通讯作者：
Brunet A
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作者：
Fulco, Charles P.;Nasser, Joseph;Engreitz, Jesse M.
通讯作者：
Engreitz, Jesse M.
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30.8
作者：
Grosselin, Kevin;Durand, Adeline;Gerard, Annabelle
通讯作者：
Gerard, Annabelle
影响因子：
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作者：
Marques S;van Bruggen D;Vanichkina DP;Floriddia EM;Munguba H;Väremo L;Giacomello S;Falcão AM;Meijer M;Björklund ÅK;Hjerling-Leffler J;Taft RJ;Castelo-Branco G
通讯作者：
Castelo-Branco G