Recognizing and validating ligands with CheckMyBlob.
Recognizing and validating ligands with CheckMyBlob.
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DOI：
10.1093/nar/gkab296
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发表时间：
2021-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Minor W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brzezinski D;Porebski PJ;Kowiel M;Macnar JM;Minor W
结构导向药物设计依赖于正确识别蛋白质复合体晶体结构中的配体。然而，对电子密度图的解释是具有挑战性的，并且经常受到确认偏差的影响。配基识别可以由自动方法辅助，例如CheckMyBlob，这是一种机器学习算法，它学习从蛋白质数据库中存储的一组部分中概括配基描述。在这里，我们介绍了CheckMyBlob网络服务器，这是一个可以识别电子密度图未建模片段中的配体或验证现有模型中的配体的平台。服务器处理PDB/MMCIF和MTZ文件，并返回针对每个检测到的电子密度斑点的10个最可能的配体的排名以及交互式3D可视化。此外，对于每个预测/验证，都会生成一个插件脚本，使用户能够在Coot中对服务器结果进行详细分析。CheckMyBlob Web服务器可在https://checkmyblob.bioreproducibility.org.上获得CheckMyBlob是一种机器学习系统，可以自动检测和验证X射线电子密度图中的配体。
Structure-guided drug design depends on the correct identification of ligands in crystal structures of protein complexes. However, the interpretation of the electron density maps is challenging and often burdened with confirmation bias. Ligand identification can be aided by automatic methods such as CheckMyBlob, a machine learning algorithm that learns to generalize ligand descriptions from sets of moieties deposited in the Protein Data Bank. Here, we present the CheckMyBlob web server, a platform that can identify ligands in unmodeled fragments of electron density maps or validate ligands in existing models. The server processes PDB/mmCIF and MTZ files and returns a ranking of 10 most likely ligands for each detected electron density blob along with interactive 3D visualizations. Additionally, for each prediction/validation, a plugin script is generated that enables users to conduct a detailed analysis of the server results in Coot. The CheckMyBlob web server is available at https://checkmyblob.bioreproducibility.org. CheckMyBlob is a machine learning system that automatically detects and validates ligands in X-ray electron density maps.
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DOI：
10.1107/s0907444910045749
发表时间：
2011-04
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Winn MD;Ballard CC;Cowtan KD;Dodson EJ;Emsley P;Evans PR;Keegan RM;Krissinel EB;Leslie AG;McCoy A;McNicholas SJ;Murshudov GN;Pannu NS;Potterton EA;Powell HR;Read RJ;Vagin A;Wilson KS
通讯作者：
Wilson KS
DOI：
10.1107/s0907444906046233
发表时间：
2007-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Terwilliger TC;Adams PD;Moriarty NW;Cohn JD
通讯作者：
Cohn JD
影响因子：
5.8
作者：
Rose, Alexander S.;Bradley, Anthony R.;Rose, Peter W.
通讯作者：
Rose, Peter W.
DOI：
10.1107/s2059798317001061
发表时间：
2017-03-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Zheng H;Cooper DR;Porebski PJ;Shabalin IG;Handing KB;Minor W
通讯作者：
Minor W
影响因子：
5.7
作者：
Adams, Paul D.;Aertgeerts, Kathleen;Bauer, Cary;Bell, Jeffrey A.;Berman, Helen M.;Bhat, Talapady N.;Blaney, Jeff M.;Bolton, Evan;Bricogne, Gerard;Brown, David;Burley, Stephen K.;Case, David A.;Clark, Kirk L.;Darden, Tom;Emsley, Paul;Feher, Victoria A.;Feng, Zukang;Groom, Colin R.;Harris, Seth F.;Hendle, Jorg;Holder, Thomas;Joachimiak, Andrzej;Kleywegt, Gerard J.;Krojer, Tobias;Marcotrigiano, Joseph;Mark, Alan E.;Markley, John L.;Miller, Matthew;Minor, Wladek;Montelione, Gaetano T.;Murshudov, Garib;Nakagawa, Atsushi;Nakamura, Haruki;Nicholls, Anthony;Nicklaus, Marc;Nolte, Robert T.;Padyana, Anil K.;Peishoff, Catherine E.;Pieniazek, Susan;Read, Randy J.;Shao, Chenghua;Sheriff, Steven;Smart, Oliver;Soisson, Stephen;Spurlino, John;Stouch, Terry;Svobodova, Radka;Tempel, Wolfram;Terwilliger, Thomas C.;Tronrud, Dale;Velankar, Sameer;Ward, Suzanna C.;Warren, Gregory L.;Westbrook, John D.;Williams, Pamela;Yang, Huanwang;Young, Jasmine
通讯作者：
Young, Jasmine