Significance of gapped sequence alignments.
Significance of gapped sequence alignments.
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DOI：
10.1089/cmb.2008.0125
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发表时间：
2008-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Newberg LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Newberg LA
极端序列比对分数的统计显著性的测量是许多重要应用的关键，但它是困难的。为了精确地近似比对分数的显著性，我们直接从精心选择的重要性抽样概率分布中抽取随机样本。我们应用我们的技术成对的本地序列比对的核酸和氨基酸序列的长度高达1000。例如，使用BLOSUM62评分系统进行局部序列比对，我们计算出两个长度为1000的序列的比对得分为6000的p值为（3.4 ± 0.3）× 10−1314。此外，我们表明，我们研究的局部对齐模型的极值显著性统计不遵循Gumbel分布。该应用程序的Web服务器可在http://bayesweb.wadsworth.org/alignmentSignificanceV1/上获得。
Measurement of the statistical significance of extreme sequence alignment scores is key to many important applications, but it is difficult. To precisely approximate alignment score significance, we draw random samples directly from a well chosen, importance-sampling probability distribution. We apply our technique to pairwise local sequence alignment of nucleic acid and amino acid sequences of length up to 1000. For instance, using a BLOSUM62 scoring system for local sequence alignment, we compute that the p-value of a score of 6000 for the alignment of two sequences of length 1000 is (3.4 ± 0.3) × 10−1314. Further, we show that the extreme value significance statistic for the local alignment model that we examine does not follow a Gumbel distribution. A web server for this application is available at http://bayesweb.wadsworth.org/alignmentSignificanceV1/.
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影响因子：
--
作者：
Schuster-Bockler, Benjamin;Bateman, Alex
通讯作者：
Bateman, Alex
DOI：
10.1186/1748-7188-2-9
发表时间：
2007-07-11
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Wolfsheimer S;Burghardt B;Hartmann AK
通讯作者：
Hartmann AK
影响因子：
2.4
作者：
Hartmann, AK
通讯作者：
Hartmann, AK
DOI：
10.1073/pnas.87.6.2264
发表时间：
1990-03-01
影响因子：
11.1
作者：
KARLIN, S;ALTSCHUL, SF
通讯作者：
ALTSCHUL, SF
影响因子：
4.4
作者：
PEARSON, WR
通讯作者：
PEARSON, WR