Hamiltonian Monte Carlo with Constrained Molecular Dynamics as Gibbs Sampling.
Hamiltonian Monte Carlo with Constrained Molecular Dynamics as Gibbs Sampling.
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哈密顿蒙特卡罗与约束分子动力学作为吉布斯采样。
DOI：
10.1021/acs.jctc.7b00570
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发表时间：
2017
影响因子：
5.5
通讯作者：
Minh,DavidDL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Spiridon,Laurentiu;Minh,DavidDL
与完全柔性的分子动力学相比，约束系统的模拟可以使用更大的时间步长，并将动能集中在软自由度上。然而，事实证明，从波尔兹曼分布中实现遍历抽样是具有挑战性的。利用均分原理和Fixman势的最新推广，我们将基于约束分子动力学的哈密顿蒙特卡罗实现为Gibbs抽样移动。通过混合基于完全挠性动力学和扭转动力学的哈密顿蒙特卡罗方法，我们能够再现简单模型系统的自由能景观，并增强了对宏观周期的采样。
Compared to fully flexible molecular dynamics, simulations of constrained systems can use larger time steps and focus kinetic energy on soft degrees of freedom. Achieving ergodic sampling from the Boltzmann distribution, however, has proven challenging. Using recent generalizations of the equipartition principle and Fixman potential, here we implement Hamiltonian Monte Carlo based on constrained molecular dynamics as a Gibbs sampling move. By mixing Hamiltonian Monte Carlo based on fully flexible and torsional dynamics, we are able to reproduce free energy landscapes of simple model systems and enhance sampling of macrocycles.
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