OpenVax: An Open-Source Computational Pipeline for Cancer Neoantigen Prediction
OpenVax: An Open-Source Computational Pipeline for Cancer Neoantigen Prediction
复制标题
DOI：
10.1007/978-1-0716-0327-7_10
复制
发表时间：
2020-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rubinsteyn, Alex
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kodysh, Julia;Rubinsteyn, Alex
OpenVax是一个用于识别体细胞变异、预测新抗原和选择个性化癌症疫苗内容的计算工作流程。它是一个Dockerized的端到端管道，将原始肿瘤/正常测序数据作为输入。目前用于三个临床试验（NCT02721043、NCT03223103和NCT03359239）。在本章中，我们描述了如何安装和使用OpenVax，以及如何解释生成的结果。
OpenVax is a computational workflow for identifying somatic variants, predicting neoantigens, and selecting the contents of personalized cancer vaccines. It is a Dockerized end-to-end pipeline that takes as input raw tumor/normal sequencing data. It is currently used in three clinical trials (NCT02721043, NCT03223103, and NCT03359239). In this chapter, we describe how to install and use OpenVax, as well as how to interpret the generated results.