SEAN: SNP prediction and display program utilizing EST sequence clusters

SEAN: SNP prediction and display program utilizing EST sequence clusters
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btk006
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发表时间：
2006-02-15
期刊：
BIOINFORMATICS
影响因子：
5.8
通讯作者：
Sergot, M
Sergot, M
中科院分区：
生物学3区
文献类型：
--
作者：
Huntley, D;Baldo, A;Sergot, M

文献摘要

被引文献

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SEAN是一个应用程序，它使用从表达序列标签（EST）簇产生的多个序列比对来预测单核苷酸多态性（SNP）。该算法使用序列同一性和SNP丰度的规则来确定预测的质量。提供Java查看器来显示EST比对和预测的SNP。
SEAN is an application that predicts single nucleotide polymorphisms (SNPs) using multiple sequence alignments produced from expressed sequence tag (EST) clusters. The algorithm uses rules of sequence identity and SNP abundance to determine the quality of the prediction. A Java viewer is provided to display the EST alignments and predicted SNPs.