Elimination of unaltered DNA in mixed clinical samples via nuclease-assisted minor-allele enrichment.
Elimination of unaltered DNA in mixed clinical samples via nuclease-assisted minor-allele enrichment.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkw650
复制
发表时间：
2016-11-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Makrigiorgos GM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Song C;Liu Y;Fontana R;Makrigiorgos A;Mamon H;Kulke MH;Makrigiorgos GM
过量未改变的野生型 (WT) DNA 的存在不提供生物学或临床价值的信息，通常掩盖了包含癌症、产前诊断、传染病或器官移植中的诊断或治疗线索的罕见改变。随着高通量技术的兴起，对去除大量序列池中未改变的 DNA 的需求不断增长。在这里，我们提出了利用探针重叠进行核酸酶辅助的次要等位基因富集 (NaME-PrO)，这是一种具有广泛基因组覆盖范围的单步方法，可以在基因组分析之前同时从大量序列中去除 WT-DNA。 NaME-PrO 采用双链 DNA 特异性核酸酶和重叠寡核苷酸探针来询问 WT-DNA 靶标并引导核酸酶消化到这些位点。含有突变的 DNA 会产生探针-DNA 错配，从而抑制消化，因此随后的 DNA 扩增会放大所有选定目标的 DNA 改变。我们在 50 重反应中证明了不同人类样本中多个临床相关目标（包括肿瘤样本和循环 DNA）的数百倍突变富集。富集可以实现 0.01% 丰度的常规突变检测，同时通过调整条件，可以对低至 0.00003% 丰度的突变进行测序，或扫描肿瘤抑制基因以查找罕见突变。 NaME-PrO 引入了一种简单且高度并行的过程来去除无信息的 DNA 序列并揭示临床和生物学上有用的改变。
Presence of excess unaltered, wild-type (WT) DNA providing no information of biological or clinical value often masks rare alterations containing diagnostic or therapeutic clues in cancer, prenatal diagnosis, infectious diseases or organ transplantation. With the surge of high-throughput technologies there is a growing demand for removing unaltered DNA over large pools-of-sequences. Here we present nuclease-assisted minor-allele enrichment with probe-overlap (NaME-PrO), a single-step approach with broad genome coverage that can remove WT-DNA from numerous sequences simultaneously, prior to genomic analysis. NaME-PrO employs a double-strand-DNA-specific nuclease and overlapping oligonucleotide-probes interrogating WT-DNA targets and guiding nuclease digestion to these sites. Mutation-containing DNA creates probe-DNA mismatches that inhibit digestion, thus subsequent DNA-amplification magnifies DNA-alterations at all selected targets. We demonstrate several-hundred-fold mutation enrichment in diverse human samples on multiple clinically relevant targets including tumor samples and circulating DNA in 50-plex reactions. Enrichment enables routine mutation detection at 0.01% abundance while by adjusting conditions it is possible to sequence mutations down to 0.00003% abundance, or to scan tumor-suppressor genes for rare mutations. NaME-PrO introduces a simple and highly parallel process to remove un-informative DNA sequences and unmask clinically and biologically useful alterations.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.9
作者：
Li, Jin;Milbury, Coren A.;Li, Cheng;Makrigiorgos, G. Mike
通讯作者：
Makrigiorgos, G. Mike
影响因子：
9.3
作者：
Milbury CA;Li J;Makrigiorgos GM
通讯作者：
Makrigiorgos GM
靶向单分子突变检测，并进行了大量平行测序。
影响因子：
14.9
作者：
Gregory MT;Bertout JA;Ericson NG;Taylor SD;Mukherjee R;Robins HS;Drescher CW;Bielas JH
通讯作者：
Bielas JH
来自1,092个人基因组的遗传变异的综合图。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
HALIASSOS, A;CHOMEL, JC;KITZIS, A
通讯作者：
KITZIS, A