Hybrid multiscale simulation reveals focusing of a diffusing peptide molecule by parallel shear flow in water
Hybrid multiscale simulation reveals focusing of a diffusing peptide molecule by parallel shear flow in water
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混合多尺度模拟揭示了水中平行剪切流对扩散肽分子的聚焦
DOI：
10.1016/j.molliq.2019.01.152
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发表时间：
2019
影响因子：
6
通讯作者：
Hu J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu J
将分子动力学-波动流体动力学混合模型推广到稳态剪切流条件下水分子扩散的多分辨率模拟。水的自扩散和一个小的蛋白质在水中的扩散的情况下被认为是。对于关断流效应，该模型与参考全原子平衡分子动力学解进行了比较。随着流量的影响，多尺度模型正确地捕捉平均流速分布，以及在不同方向上的均方差之间的差异，相对于根据扩散理论的流量。模拟的结果进行了分析的背景下，使用流体动力学流动梯度的分子扩散聚焦。
The hybrid Molecular Dynamics - Fluctuating Hydrodynamics model is extended for multi-resolution simulations of molecular diffusion in water under a steady shear flow. Cases of water self-diffusion and a small protein diffusion in water are considered. For the switched-off flow effect, the model is validated in comparison with the reference all-atom equilibrium molecular dynamics solution. With the flow effect included, the multiscale model correctly captures the mean flow velocity distribution as well as the difference between mean square deviations in different directions with respect to the flow in accordance with the diffusion theory. Results of the simulations are analysed in the context of using hydrodynamic flow gradients for molecular diffusion focusing.
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DOI：
10.1063/1.4905720
发表时间：
2015-01
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