Conditional clustering of temporal expression profiles.
Conditional clustering of temporal expression profiles.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-147
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发表时间：
2008-03-11
影响因子：
3
通讯作者：
Sebastiani P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang L;Montano M;Rarick M;Sebastiani P
许多微阵列实验在不同的生物条件下产生时间分布，但常见的聚类技术不能分析生物条件下的数据。本文提出了一种新的技术，聚类数据的时间过程中进行的微阵列实验在几个实验条件。我们的算法使用多项式模型来描述随时间的基因表达模式，一个完整的贝叶斯方法与适当的共轭先验，使算法不变的线性变换，和一个迭代过程，以确定基因，具有共同的时间表达谱在两个或两个以上的实验条件，和基因，具有独特的时间分布在特定条件下。我们使用模拟数据来评估这种新算法的有效性，找到正确的聚类数，并在识别基因的共同和独特的配置文件。我们还使用该算法来表征人类T细胞对在六种不同生物条件下测量的抗原受体信号传导基因表达时间谱的刺激的响应，并且我们确定了共同和独特的基因。这些研究表明，这里提出的方法是有用的，在识别和区分独特的刺激基因从共同刺激的基因在响应变量刺激。使用这种聚类方法的软件可从项目主页获得。
Many microarray experiments produce temporal profiles in different biological conditions but common cluster techniques are not able to analyze the data conditional on the biological conditions. This article presents a novel technique to cluster data from time course microarray experiments performed across several experimental conditions. Our algorithm uses polynomial models to describe the gene expression patterns over time, a full Bayesian approach with proper conjugate priors to make the algorithm invariant to linear transformations, and an iterative procedure to identify genes that have a common temporal expression profile across two or more experimental conditions, and genes that have a unique temporal profile in a specific condition. We use simulated data to evaluate the effectiveness of this new algorithm in finding the correct number of clusters and in identifying genes with common and unique profiles. We also use the algorithm to characterize the response of human T cells to stimulations of antigen-receptor signaling gene expression temporal profiles measured in six different biological conditions and we identify common and unique genes. These studies suggest that the methodology proposed here is useful in identifying and distinguishing uniquely stimulated genes from commonly stimulated genes in response to variable stimuli. Software for using this clustering method is available from the project home page.
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影响因子：
56.9
作者：
Golub, TR;Slonim, DK;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
影响因子：
3.7
作者：
RAND, WM
通讯作者：
RAND, WM
DOI：
10.1198/016214505000000187
发表时间：
2006-03-01
影响因子：
3.7
作者：
Heard, NA;Holmes, CC;Stephens, DA
通讯作者：
Stephens, DA
DOI：
10.1073/pnas.97.18.10101
发表时间：
2000-08-29
影响因子：
11.1
作者：
Alter, O;Brown, PO;Botstein, D
通讯作者：
Botstein, D
DOI：
10.1073/pnas.96.6.2907
发表时间：
1999-03-16
影响因子：
11.1
作者：
Tamayo, P;Slonim, D;Golub, TR
通讯作者：
Golub, TR