Rfam 12.0: updates to the RNA families database.
Rfam 12.0: updates to the RNA families database.
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DOI：
10.1093/nar/gku1063
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Finn RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nawrocki EP;Burge SW;Bateman A;Daub J;Eberhardt RY;Eddy SR;Floden EW;Gardner PP;Jones TA;Tate J;Finn RD
Rfam数据库（可在http://rfam.xfam.org上获得）是一个非编码RNA家族的集合，由人工整理的序列比对、共识二级结构和从相应的维基百科、分类和本体资源中收集的注释来表示。在本文中，我们将详细介绍针对Rfam 12.0版本的Rfam数据和网站的更新和改进。我们描述了我们的搜索管道升级到使用Infernal 1.1，并通过与以前版本的比较展示了其改进的同源检测能力。新的管道对于用户来说更容易应用于他们自己的数据集，并且我们说明了它在不同大小的基因组和宏基因组数据集中注释rna的能力。Rfam已扩展到包括260个新家族，包括已得到充分研究的大亚基核糖体RNA家族，并首次包括家族中存在的基于短序列和结构的RNA基序的信息。
The Rfam database (available at http://rfam.xfam.org) is a collection of non-coding RNA families represented by manually curated sequence alignments, consensus secondary structures and annotation gathered from corresponding Wikipedia, taxonomy and ontology resources. In this article, we detail updates and improvements to the Rfam data and website for the Rfam 12.0 release. We describe the upgrade of our search pipeline to use Infernal 1.1 and demonstrate its improved homology detection ability by comparison with the previous version. The new pipeline is easier for users to apply to their own data sets, and we illustrate its ability to annotate RNAs in genomic and metagenomic data sets of various sizes. Rfam has been expanded to include 260 new families, including the well-studied large subunit ribosomal RNA family, and for the first time includes information on short sequence- and structure-based RNA motifs present within families.
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地狱1.1：RNA同源性搜索速度更快100倍。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Amode MR;Barrell D;Beal K;Billis K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fitzgerald S;Gil L;Girón CG;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Johnson N;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Kulesha E;Martin FJ;Maurel T;McLaren WM;Murphy DN;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ruffier M;Sheppard D;Taylor K;Thormann A;Trevanion SJ;Vullo A;Wilder SP;Wilson M;Zadissa A;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Kinsella R;Muffato M;Parker A;Spudich G;Yates A;Zerbino DR;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
4.4
作者：
Anthon C;Tafer H;Havgaard JH;Thomsen B;Hedegaard J;Seemann SE;Pundhir S;Kehr S;Bartschat S;Nielsen M;Nielsen RO;Fredholm M;Stadler PF;Gorodkin J
通讯作者：
Gorodkin J
影响因子：
4.8
作者：
Liu, MY;Gui, GJ;Romeo, T
通讯作者：
Romeo, T
影响因子：
14.9
作者：
Pichon, Christophe;du Merle, Laurence;Le Bouguenec, Chantal
通讯作者：
Le Bouguenec, Chantal