PlantTFcat: an online plant transcription factor and transcriptional regulator categorization and analysis tool.
PlantTFcat: an online plant transcription factor and transcriptional regulator categorization and analysis tool.
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DOI：
10.1186/1471-2105-14-321
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发表时间：
2013-11-12
影响因子：
3
通讯作者：
Zhao PX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dai X;Sinharoy S;Udvardi M;Zhao PX
植物通过转录因子（TFs）、转录调控因子（TRs）、染色质调控因子（CRs）和基础转录机制来调节内在基因的表达。在系统水平上理解植物基因调控机制需要在基因组尺度上识别这些调控元件。在这里，我们提出了PlantTFcat，一个高性能的基于web的分析工具，旨在通过系统地分析蛋白质序列中的InterProScan结构域模式，从基因组尺度的蛋白质和核酸序列中识别和分类植物TF/TR/CR基因。PlantTFcat包含的综合预测逻辑是基于108个已发表的植物TF/TR/CR家族的基因家族和保守结构域之间的关系。这些预测逻辑有效地区分了具有共同保守域的TF/TR/CR族。系统性能评价表明，PlantTFcat对已知的TF/TR/CR家族具有较高的覆盖率和灵敏度。PlantTFcat是一种在基因组尺度上对植物TF/TR/CR基因进行鉴定和分类的分析工具。PlantTFcat免费提供给公众，网址是http://plantgrn.noble.org/PlantTFcat/。
Plants regulate intrinsic gene expression through transcription factors (TFs), transcriptional regulators (TRs), chromatin regulators (CRs), and the basal transcription machinery. An understanding of plant gene regulatory mechanisms at a systems level requires the identification of these regulatory elements on a genomic scale. Here, we present PlantTFcat, a high-performance web-based analysis tool that is designed to identify and categorize plant TF/TR/CR genes from genome-scale protein and nucleic acid sequences by systematically analyzing InterProScan domain patterns in protein sequences. The comprehensive prediction logics that are included in PlantTFcat are based on relationships between gene families and conserved domains from 108 published plant TF/TR/CR families. These prediction logics effectively distinguish TF/TR/CR families with common conserved domains. Our systematic performance evaluations indicate that PlantTFcat annotates known TF/TR/CR families with high coverage and sensitivity. PlantTFcat provides an analysis tool to identify and categorize plant TF/TR/CR genes on a genomic scale. PlantTFcat is freely available to the public at http://plantgrn.noble.org/PlantTFcat/.
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