Vaccinia Virus Transcriptome Analysis by RNA Sequencing
Vaccinia Virus Transcriptome Analysis by RNA Sequencing
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DOI：
10.1007/978-1-4939-9593-6_10
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发表时间：
2019-01-01
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Yang, Zhilong
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Cao, Shuai;Lin, Yongquan;Yang, Zhilong
利用下一代测序（NGS）技术进行rna测序（RNA-Seq）是同时分析牛痘病毒和宿主细胞全局转录本的有力工具。在这里，我们描述了一种RNA-Seq方法，用于分析来自病毒感染的HeLa细胞的牛痘病毒转录组。我们特别关注样品制备、测序和数据分析的牛痘病毒特异性方面，但我们的方法可以修改以分析感染不同痘病毒的其他细胞或组织的转录组。
RNA-sequencing (RNA-Seq) using next-generation sequencing (NGS) technique is a powerful tool for simultaneous analysis of global transcripts from both vaccinia virus and host cell. Here, we describe an RNA-Seq method for analyzing the vaccinia virus transcriptome from virus-infected HeLa cells. We pay particular attention to vaccinia virus-specific aspects of sample preparation, sequencing, and data analyses, but our method could be modified to analyze transcriptomes of other cells or tissues infected with different poxviruses.