Fluorescent In Situ Detection of RNA-Protein Interactions in Intact Cells by RNA-PLA.
Fluorescent In Situ Detection of RNA-Protein Interactions in Intact Cells by RNA-PLA.
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通过 RNA-PLA 荧光原位检测完整细胞中的 RNA-蛋白质相互作用。
DOI：
10.1007/978-1-0716-3191-1_13
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Xie,Mingyi
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Li,Tianqi;Zhang,Wei;Xie,Mingyi
rna -蛋白接近连接法（RNA-PLA）能够检测固定细胞中特定的rna -蛋白相互作用。在RNA- pla中，如果目标RNA和蛋白质之间的距离在40纳米以内，则会发生环状DNA模板的桥接和连接。所得到的圆形模板通过滚圈扩增扩增，并被荧光反义DNA寡核苷酸大量识别。因此，该策略能够以高特异性和敏感性原位定位rna -蛋白相互作用。在这里，我们描述了使用RNA- pla来检测eb病毒感染的B细胞中核病毒RNA和宿主RNA结合蛋白之间的相互作用。
RNA–protein proximity ligation assay (RNA-PLA) enables the detection of specific RNA–protein interactions in fixed cells. In RNA-PLA, bridging and ligation of a circular DNA template occurs if the target RNA and protein are within 40 nanometers of each other. The resulting circular template is amplified by rolling circle amplification and abundantly recognized by fluorescent antisense DNA oligonucleotides. This strategy therefore enables localization of RNA–protein interactions in situ with high specificity and sensitivity. Here, we describe the use of RNA-PLA to detect interactions between a nuclear viral RNA and a host RNA-binding protein in Epstein-Barr virus (EBV)-infected B cells.