Benchmarking common quantification strategies for large-scale phosphoproteomics.
Benchmarking common quantification strategies for large-scale phosphoproteomics.
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DOI：
10.1038/s41467-018-03309-6
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发表时间：
2018-03-13
影响因子：
16.6
通讯作者：
Olsen JV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hogrebe A;von Stechow L;Bekker-Jensen DB;Weinert BT;Kelstrup CD;Olsen JV
基于综合质谱（MS）的蛋白质组学现在是可行的，但可重复的定量仍然具有挑战性，特别是对于翻译后修饰，如磷酸化。在这里，我们比较了全球磷酸化蛋白质组学最流行的定量技术：无标记定量（LFQ），细胞培养物中氨基酸的稳定同位素标记（SILAC）和MS 2和MS 3测量的串联质量标签（TMT）。在与固定磷酸肽比例的混合物种比较中，我们发现LFQ和SILAC是最准确的技术。基于MS 2的TMT由于比率压缩而产生最高精度但最低准确度，基于MS 3的TMT可以部分挽救。然而，MS 2为基础的TMT优于MS 3为基础的TMT分析磷酸蛋白质组的DNA损伤反应的变化时，因为其更高的精度和更大的识别数允许检测更大数量的显着调节磷酸肽。最后，我们利用TMT复用能力开发一种用于确定磷酸化位点化学计量的算法，表明此类应用受益于基于MS 3的TMT的高准确性。定量磷酸化蛋白质组学已成为分子和细胞生物学的标准方法。在这里，作者比较了LFQ，SILAC和基于MS 2/MS 3的TMT的磷酸化蛋白质组定量的性能和参数，并介绍了一种用于计算磷酸化位点化学计量的TMT适应算法。
Comprehensive mass spectrometry (MS)-based proteomics is now feasible, but reproducible quantification remains challenging, especially for post-translational modifications such as phosphorylation. Here, we compare the most popular quantification techniques for global phosphoproteomics: label-free quantification (LFQ), stable isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) and MS2- and MS3-measured tandem mass tags (TMT). In a mixed species comparison with fixed phosphopeptide ratios, we find LFQ and SILAC to be the most accurate techniques. MS2-based TMT yields the highest precision but lowest accuracy due to ratio compression, which MS3-based TMT can partly rescue. However, MS2-based TMT outperforms MS3-based TMT when analyzing phosphoproteome changes in the DNA damage response, since its higher precision and larger identification numbers allow detection of a greater number of significantly regulated phosphopeptides. Finally, we utilize the TMT multiplexing capabilities to develop an algorithm for determining phosphorylation site stoichiometry, showing that such applications benefit from the high accuracy of MS3-based TMT. Quantitative phosphoproteomics has become a standard method in molecular and cell biology. Here, the authors compare performance and parameters of phosphoproteome quantification by LFQ, SILAC, and MS2-/MS3-based TMT and introduce a TMT-adapted algorithm for calculating phosphorylation site stoichiometry.
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影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
4.4
作者：
Lau, Ho-Tak;Suh, Hyong Won;Golkowski, Martin;Ong, Shao-En
通讯作者：
Ong, Shao-En
影响因子：
16
作者：
Beli, Petra;Lukashchuk, Natalia;Wagner, Sebastian A.;Weinert, Brian T.;Olsen, Jesper V.;Baskcomb, Linda;Mann, Matthias;Jackson, Stephen P.;Choudhary, Chunaram
通讯作者：
Choudhary, Chunaram
影响因子：
3.3
作者：
Altelaar, A. F. Maarten;Frese, Christian K.;Mohammed, Shabaz
通讯作者：
Mohammed, Shabaz
影响因子：
7
作者：
Larsen, MR;Thingholm, TE;Jorgensen, TJD
通讯作者：
Jorgensen, TJD