PfamAlyzer: domain-centric homology search
PfamAlyzer: domain-centric homology search
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btm521
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发表时间：
2007-12-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Sonnhammer, Erik L. L.
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Hollich, Volker;Sonnhammer, Erik L. L.
PfamAlyzer是一个Java小程序，它支持使用用户友好的图形界面探索PfamAlyzer领域架构。它可以在UniProt蛋白数据库中搜索结构域模式。与查询类似的域模式由PfamAlyzer以图形方式呈现，或者在排名列表中，或者固定在生命树上。这种以领域为中心的同源搜索有助于识别具有共享领域结构的远端同源物。
PfamAlyzer is a Java applet that enables exploration of Pfam domain architectures using a user-friendly graphical interface. It can search the UniProt protein database for a domain pattern. Domain patterns similar to the query are presented graphically by PfamAlyzer either in a ranked list or pinned to the tree of life. Such domain-centric homology search can assist identification of distant homologs with shared domain architecture.