Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry.
Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry.
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使用有效和可逆的共价化学跟踪不同的RNA群体。
DOI：
10.1016/j.molcel.2015.07.023
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发表时间：
2015-09-03
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Simon MD
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Duffy EE;Rutenberg-Schoenberg M;Stark CD;Kitchen RR;Gerstein MB;Simon MD
我们描述了一种标记和纯化含4 - 硫代尿苷（s4U）的RNA的化学方法。我们证明，甲硫基磺酸盐（MTS）试剂与s4U形成二硫键的效率比常用的HPDP - 生物素更高，从而导致更高的产量和更少的偏倚富集。这种效率的提高使我们能够利用s4U标记来研究增殖的培养人类细胞中全局微小RNA（miRNA）的周转，而不会干扰全局miRNA水平或miRNA加工机制。这种改进的化学方法将增强依赖于追踪不同RNA群体的方法，例如用于研究组织特异性转录的4 - 硫代尿苷标记以及用于研究RNA周转的动态转录组分析（DTA）。
We describe a chemical method to label and purify 4-thiouridine (s4U)-containing RNA. We demonstrate that methanethiosulfonate (MTS) reagents form disulfide bonds with s4U more efficiently than the commonly used HPDP-biotin, leading to higher yields and less biased enrichment. This increase in efficiency allowed us to use s4U-labeling to study global microRNA (miRNA) turnover in proliferating cultured human cells without perturbing global miRNA levels or the miRNA processing machinery. This improved chemistry will enhance methods that depend on tracking different populations of RNA, such as 4-thiouridine-tagging to study tissue-specific transcription and dynamic transcriptome analysis (DTA) to study RNA turnover.