A Unified Approach to Conformational Statistics of Classical Polymer and Polypeptide Models.
A Unified Approach to Conformational Statistics of Classical Polymer and Polypeptide Models.
复制标题
经典聚合物和多肽模型构象统计的统一方法。
DOI：
10.1016/j.polymer.2005.09.012
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发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
4.6
通讯作者：
Chirikjian,GregoryS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim,JinSeob;Chirikjian,GregoryS
我们提出了一个统一的方法来产生构象统计，它可以适用于任何经典的离散链聚合物模型。所提出的方法采用傅立叶变换和广义卷积的刚体运动组的概念，以获得链端到端距离的概率密度函数。在本文中，我们证明了所提出的方法与三种不同的情况下：自由旋转模型，独立的扭转角能量模型，和相互依赖的成对能量模型（后两个也被称为旋转异构态模型）。至于数值例子，为了简单起见，我们假设均匀的聚合物链。对于自由旋转模型，我们验证了所提出的方法与著名的封闭形式的结果进行比较，均方端到端的距离。在相互依赖的成对能量的情况下，我们采取多肽链，如聚丙氨酸和聚缬氨酸的例子。
We present a unified method to generate conformational statistics, which can be applied to any of the classical discrete-chain polymer models. The proposed method employs the concepts of Fourier transform and generalized convolution for the group of rigid-body motions in order to obtain probability density functions of chain end-to-end distance. In this paper, we demonstrate the proposed method with three different cases: the freely rotating model, independent torsion-angle energy model, and interdependent pair-wise energy model (the last two are also well-known as the rotational isomeric state model). As for numerical examples, for simplicity, we assume homogeneous polymer chains. For the freely rotating model, we verify the proposed method by comparing with well-known closed-form results for mean-squared end-to-end distance. In the interdependent pair-wise energy case, we take polypeptide chains such as polyalanine and polyvaline as examples.
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