The nucleosome map of the mammalian liver.
The nucleosome map of the mammalian liver.
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DOI：
10.1038/nsmb.2060
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发表时间：
2011-06
影响因子：
16.8
通讯作者：
Kaestner, Klaus H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Zhaoyu;Schug, Jonathan;Tuteja, Geetu;White, Peter;Kaestner, Klaus H.
哺乳动物基因组包含数十亿个 DNA 碱基对，这些碱基对必须像染色质一样高度压缩，以适应细胞核的纳米级尺寸，但又可以方便地进行转录。与核小体 DNA 的结合对于“先锋”转录因子（例如翼螺旋转录因子 Foxa1 和 Foxa2）调节染色质结构和基因激活至关重要。在这里，我们报告了小鼠肝脏中核小体位置的全基因组图谱，重点是转录起始位点、CpG 岛、Foxa2 结合位点及其与基因表达的相关性。尽管肝组织存在异质性，但我们可以清楚地辨别主要肝细胞（肝细胞）的核小体模式。通过分析 Foxa1/2 缺陷肝脏中的核小体占据和异染色质蛋白 1 (Hp1)、CBP（也称为 Crebbp）和 p300 (Ep300) 的分布，我们令人惊讶地发现，Foxa2 结合位点周围核小体位置和染色质结构的维持与 Foxa1/2 无关。
Mammalian genomes contain billions of basepairs of DNA that must be highly compacted as chromatin to fit into the nano-scale of the nucleus, but yet be accessible to allow for transcription to occur. Binding to nucleosomal DNA is critical for ‘pioneer’ transcription factors such as the winged helix transcription factors Foxa1 and Foxa2 to regulate chromatin structure and gene activation. Here we report the genome-wide map of nucleosome positions in the mouse liver, with emphasis on transcriptional start sites, CpG islands, Foxa2 binding sites, and their correlation with gene expression. Despite the heterogeneity of liver tissue, we could clearly discern the nucleosome pattern of the predominant liver cell, the hepatocyte. By analyzing nucleosome occupancy and the distributions of heterochromatin protein 1 (Hp1), CBP (also known as Crebbp), and p300 (Ep300) in Foxa1/2-deficient livers we find, surprisingly, that the maintenance of nucleosome position and chromatin structure surrounding Foxa2 binding sites is independent of Foxa1/2.
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影响因子：
14.9
作者：
Tuteja G;White P;Schug J;Kaestner KH
通讯作者：
Kaestner KH
DOI：
10.1073/pnas.091062498
发表时间：
2001-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Tusher, VG;Tibshirani, R;Chu, G
通讯作者：
Chu, G
影响因子：
14.9
作者：
Beato, M;Eisfeld, K
通讯作者：
Eisfeld, K
影响因子：
9.8
作者：
Shivaswamy S;Bhinge A;Zhao Y;Jones S;Hirst M;Iyer VR
通讯作者：
Iyer VR
影响因子：
64.5
作者：
Lupien, Mathieu;Eeckhoute, Jerome;Brown, Myles
通讯作者：
Brown, Myles