Primase-based whole genome amplification.
Primase-based whole genome amplification.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkn377
复制
发表时间：
2008-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kong H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Kim HJ;Zheng C;Chow WH;Lim J;Keenan B;Pan X;Lemieux B;Kong H
体外DNA扩增方法，如聚合酶链式反应（PCR），依赖于合成的寡核苷酸引物来启动反应。在体内，通过DNA引发酶在模板上合成引物。噬菌体T7基因4蛋白（gp4）具有引发酶和解旋酶活性。在这项研究中，我们报告了一种基于引物酶的全基因组扩增（pWGA）方法的发展，该方法利用gp4引物酶合成引物，消除了添加合成引物的要求。从1 ng至10 ng人基因组DNA输入的pWGA的典型产率在微克范围内，在37°C下孵育1小时后达到超过一千倍的扩增。不同染色体上的20个位点对人类基因组DNA的扩增偏倚为6.3倍。除了扩增总基因组DNA之外，当与荧光报告染料组合时，pWGA还可用于检测和定量样品中的污染物DNA。当环状DNA用作pWGA中的模板时，从低至100个拷贝的输入观察到108倍的扩增。pWGA在扩增环状DNA中的高效率使其成为诊断和分型环状人DNA病毒如人乳头瘤病毒（HPV）的潜在工具。
In vitro DNA amplification methods, such as polymerase chain reaction (PCR), rely on synthetic oligonucleotide primers for initiation of the reaction. In vivo, primers are synthesized on-template by DNA primase. The bacteriophage T7 gene 4 protein (gp4) has both primase and helicase activities. In this study, we report the development of a primase-based Whole Genome Amplification (pWGA) method, which utilizes gp4 primase to synthesize primers, eliminating the requirement of adding synthetic primers. Typical yield of pWGA from 1 ng to 10 ng of human genomic DNA input is in the microgram range, reaching over a thousand-fold amplification after 1 h of incubation at 37°C. The amplification bias on human genomic DNA is 6.3-fold among 20 loci on different chromosomes. In addition to amplifying total genomic DNA, pWGA can also be used for detection and quantification of contaminant DNA in a sample when combined with a fluorescent reporter dye. When circular DNA is used as template in pWGA, 108-fold of amplification is observed from as low as 100 copies of input. The high efficiency of pWGA in amplifying circular DNA makes it a potential tool in diagnosis and genotyping of circular human DNA viruses such as human papillomavirus (HPV).
登录
查看更多内容
影响因子：
7
作者：
Hosono, S;Faruqi, AF;Lasken, RS
通讯作者：
Lasken, RS
影响因子：
2.9
作者：
Kittler, R;Stoneking, M;Kayser, M
通讯作者：
Kayser, M
影响因子：
14.9
作者：
Giglio, S;Monis, PT;Saint, CP
通讯作者：
Saint, CP
影响因子：
4.8
作者：
Guo, SY;Tabor, S;Richardson, CC
通讯作者：
Richardson, CC
DOI：
10.1073/pnas.73.3.780
发表时间：
1976-01-01
影响因子：
11.1
作者：
MARK, DF;RICHARDSON, CC
通讯作者：
RICHARDSON, CC