sRNAtoolbox: an integrated collection of small RNA research tools.
sRNAtoolbox: an integrated collection of small RNA research tools.
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DOI：
10.1093/nar/gkv555
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hackenberg M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rueda A;Barturen G;Lebrón R;Gómez-Martín C;Alganza Á;Oliver JL;Hackenberg M
小RNA研究是一个快速发展的领域。除了microRNAs，这是基因表达的重要调节因素，在动物和植物中也有其他类型的功能性小RNA分子的报道。MicroRNAs在宿主-微生物相互作用中起重要作用，寄生虫microRNAs可能调节宿主的先天免疫。此外，在体液中可以检测到小RNA，这使它们成为具有吸引力的非侵入性生物标记候选。鉴于人们对小RNA，特别是小RNA的广泛兴趣，科学界需要大量的生物信息学辅助分析类型。为了促进整合的sRNA研究，我们开发了sRNA工具箱，这是一套独立但相互关联的工具，用于从高通量测序数据进行表达谱分析、共识差异表达、靶基因预测、作为阅读长度函数的基因组背景下的视觉探索、基因列表分析和未映射阅读的BLAST搜索。所有工具都可以单独使用，也可以用于sRNAbch结果的勘探和下游分析。可以很容易地建立工作流程，如预测寄主中寄生虫microRNAs的共同目标基因，然后检测丰富的途径。连接所有这些工具的Web界面可在http://bioinfo5.ugr.es/srnatoolbox上找到
Small RNA research is a rapidly growing field. Apart from microRNAs, which are important regulators of gene expression, other types of functional small RNA molecules have been reported in animals and plants. MicroRNAs are important in host-microbe interactions and parasite microRNAs might modulate the innate immunity of the host. Furthermore, small RNAs can be detected in bodily fluids making them attractive non-invasive biomarker candidates. Given the general broad interest in small RNAs, and in particular microRNAs, a large number of bioinformatics aided analysis types are needed by the scientific community. To facilitate integrated sRNA research, we developed sRNAtoolbox, a set of independent but interconnected tools for expression profiling from high-throughput sequencing data, consensus differential expression, target gene prediction, visual exploration in a genome context as a function of read length, gene list analysis and blast search of unmapped reads. All tools can be used independently or for the exploration and downstream analysis of sRNAbench results. Workflows like the prediction of consensus target genes of parasite microRNAs in the host followed by the detection of enriched pathways can be easily established. The web-interface interconnecting all these tools is available at http://bioinfo5.ugr.es/srnatoolbox
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影响因子：
64.8
作者：
Lu, J;Getz, G;Golub, TR
通讯作者：
Golub, TR
影响因子：
14.9
作者：
Dai X;Zhao PX
通讯作者：
Zhao PX
DOI：
10.1093/dnares/dss037
发表时间：
2013-04
期刊：
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
影响因子：
--
作者：
Hackenberg M;Huang PJ;Huang CY;Shi BJ;Gustafson P;Langridge P
通讯作者：
Langridge P
影响因子：
5.2
作者：
Harris JF;Micheva-Viteva S;Li N;Hong-Geller E
通讯作者：
Hong-Geller E
影响因子：
9.8
作者：
John B;Enright AJ;Aravin A;Tuschl T;Sander C;Marks DS
通讯作者：
Marks DS