FeatureStack: Perl module for comparative visualization of gene features
FeatureStack: Perl module for comparative visualization of gene features
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts572
复制
发表时间：
2012-12-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Chen, Nansheng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Frech, Christian;Choo, Caleb;Chen, Nansheng
FeatureStack 是一个用于自动生成多基因图像的 Perl 模块。 FeatureStack 将符合 BioPerl 的基因或转录本特征作为输入，并使用用户定义的 BioPerl 字形并排呈现它们。输出图像可以生成 SVG 或 PNG 格式。 FeatureStack 附带了一个新的 BioPerl 字形，decorated_gene，它可以突出显示基因模型之上的蛋白质特征。结合使用FeatureStack和decorated_gene，可以快速、自动地生成堆叠基因模型的注释丰富的图像，极大地促进相关基因结构和基因家族的进化研究。
FeatureStack is a Perl module for the automatic generation of multi-gene images. FeatureStack takes BioPerl-compliant gene or transcript features as input and renders them side by side using a user-defined BioPerl glyph. Output images can be generated in SVG or PNG format. FeatureStack comes with a new BioPerl glyph, decorated_gene, which can highlight protein features on top of gene models. Used in combination, FeatureStack and decorated_gene enable rapid and automated generation of annotation-rich images of stacked gene models that greatly facilitate evolutionary studies of related gene structures and gene families.