PESDserv: a server for high-throughput comparison of protein binding site surfaces.
PESDserv: a server for high-throughput comparison of protein binding site surfaces.
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PESDserv：用于蛋白质结合位点表面高通量比较的服务器。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq288
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Breneman,CurtM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Das,Sourav;Krein,MichaelP;Breneman,CurtM
摘要：基于结构的方法补充了基于配体的铅发现和交叉反应性预测方法。我们向科学界提供了一个web服务器，用于比较蛋白质的配体结合位点的表面与配体结合位点表面数据库的106796个位点。web服务器实现了用于表面比较的属性编码形状分布（PESD）算法。一个典型的虚拟屏幕需要5分钟才能完成。输出提供了一个站点排序列表（按站点相似性排序），超链接到PDB和PDBeChem数据库中的相应条目。可用性：服务器可以免费访问http://reccr.chem.rpi.edu/Software/pesdserv/Contact:brenec@rpi.edu
Summary:Structure-based approaches complement ligand-based approaches for lead-discovery and cross-reactivity prediction. We present to the scientific community a web server for comparing the surface of a ligand bound site of a protein against a ligand bound site surface database of 106 796 sites. The web server implements the property encoded shape distributions (PESD) algorithm for surface comparison. A typical virtual screen takes 5 min to complete. The output provides a ranked list of sites (by site similarity), hyperlinked to the corresponding entries in the PDB and PDBeChem databases.Availability:The server is freely accessible at http://reccr.chem.rpi.edu/Software/pesdserv/Contact:brenec@rpi.edu