牛体内囊胚全转录组模式解析
牛体内囊胚全转录组模式解析
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DOI：
10.11843/j.issn.0366-6964.2020.06.011
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
赵学明
中科院分区：
文献类型：
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作者：
王晶晶;张培培;郝海生;杜卫华;庞云渭;权国波;赵善江;邹惠影;朱化彬;赵学明
旨在解析牛体内囊胚的全转录组模式。本研究选择3头15月龄以上、健康状况良好的泌乳奶牛,采用超排获得体内囊胚,采用单细胞全转录组测序技术检测囊胚mRNA、lncRNA、circRNA转录模式,并采用生物信息学工具对其进行分析。试验获得牛体内囊胚约19 975个mRNAs、12 715个novel lncRNAs及887个circRNAs 。mRNA有12种可变剪切方法,以转录起始区域可变剪切(TSS)为主。采用基因本体(GO)和相关信号通路(KEGG)对其分析发现,生物功能主要富集在新陈代谢、细胞膜和蛋白结合、细胞通讯、细胞组织成分、生长发育等功能,Pathway主要富集在细胞周期、膜运输、染色体组织调控等通路;circRNA有6种类型,其中CLASSIC类型circRNA数量最多,这种剪切方式会形成成环的外显子circRNA(EcircRNA)。本研究阐明了牛体内囊胚的全转录组模式,为全面了解牛体内囊胚提供了新的思路。