Noncanonical outcomes of break-induced replication produce complex, extremely long-tract gene conversion events in yeast.
Noncanonical outcomes of break-induced replication produce complex, extremely long-tract gene conversion events in yeast.
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DOI：
10.1093/g3journal/jkab245
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发表时间：
2021-09-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Casper AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stewart JA;Hillegass MB;Oberlitner JH;Younkin EM;Wasserman BF;Casper AM
长链基因转换（LTGC）可能是由折叠的复制叉的修复引起的，并且已经提出了几种机制来解释修复过程如何产生这种结果。我们研究了LTGC事件产生的修复崩溃叉在酵母脆性位点FS2。我们的分析包括通过轮廓钳位均匀电场电泳、下一代全基因组测序和跨修复事件连接的桑格测序进行染色体大小测定。我们比较了我们细胞中LTGC事件的序列和结构与由所提出的机制产生的LTGC事件的预期质量。我们的证据表明，一些LTGC事件发生在BIR过程中的半交换，一些LTGC事件发生在缺口修复，和一些LTGC事件可以解释的缺口修复或“晚”模板转换过程中BIR。此外，根据我们的数据，我们建议折叠复制叉模型进行修订，以显示不是一个单端双链断裂（DSB），而是一个两端DSB中的两端在时间上分开，并进行缺口修复。
Long-tract gene conversions (LTGC) can result from the repair of collapsed replication forks, and several mechanisms have been proposed to explain how the repair process produces this outcome. We studied LTGC events produced from repair collapsed forks at yeast fragile site FS2. Our analysis included chromosome sizing by contour-clamped homogeneous electric field electrophoresis, next-generation whole-genome sequencing, and Sanger sequencing across repair event junctions. We compared the sequence and structure of LTGC events in our cells to the expected qualities of LTGC events generated by proposed mechanisms. Our evidence indicates that some LTGC events arise from half-crossover during BIR, some LTGC events arise from gap repair, and some LTGC events can be explained by either gap repair or “late” template switch during BIR. Also based on our data, we propose that models of collapsed replication forks be revised to show not a one-end double-strand break (DSB), but rather a two-end DSB in which the ends are separated in time and subject to gap repair.
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DOI：
10.1126/science.aaa8391
发表时间：
2015-08-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mayle R;Campbell IM;Beck CR;Yu Y;Wilson M;Shaw CA;Bjergbaek L;Lupski JR;Ira G
通讯作者：
Ira G
DOI：
10.1038/nrc.2017.52
发表时间：
2017-07-25
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
Glover TW;Wilson TE;Arlt MF
通讯作者：
Arlt MF
影响因子：
4.5
作者：
Hartlerode AJ;Willis NA;Rajendran A;Manis JP;Scully R
通讯作者：
Scully R
影响因子：
4.5
作者：
Lee PS;Greenwell PW;Dominska M;Gawel M;Hamilton M;Petes TD
通讯作者：
Petes TD
影响因子：
16.6
作者：
Chandramouly, Gurushankar;Kwok, Amy;Huang, Bin;Willis, Nicholas A.;Xie, Anyong;Scully, Ralph
通讯作者：
Scully, Ralph