Characterization of human transcription factor function and patterns of gene regulation in HepG2 cells.
Characterization of human transcription factor function and patterns of gene regulation in HepG2 cells.
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DOI：
10.1101/gr.278205.123
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发表时间：
2023-12-01
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Myers, Richard M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moyers, Belle A.;Partridge, E. Christopher;Mackiewicz, Mark;Betti, Michael J.;Darji, Roshan;Meadows, Sarah K.;Newberry, Kimberly M.;Brandsmeier, Laurel A.;Wold, Barbara J.;Mendenhall, Eric M.;Myers, Richard M.
转录因子（Transcription Factor，TF）是一种反式作用蛋白，它与DNA中的顺式调控元件（cis-regulatory elements，克雷斯）结合，调控基因的表达。在这里，我们分析了529个序列特异性转录因子和151个辅助因子和染色质调节因子在人类癌细胞系HepG 2中的基因组定位概况，总共有680个广泛称为DNA相关蛋白（DAP）。我们使用这种深度收集来模拟每个TF对基因表达的影响，并确定了一组26个候选转录抑制因子。我们研究高占用率的目标（HOT）网站的三维基因组组织的背景下，并显示偏见的基序的位置在远端启动子连接涉及HOT网站。我们还发现了大量的封闭染色质区域与多个DAP结合，并探讨了它们的性质，发现MAFF/MAFK TF对与转录抑制相关。总之，这些分析提供了新的见解，人类细胞系HepG 2基因组的调控逻辑，并显示大基因组分析的有用性，阐明个人TF功能。
Transcription factors (TFs) are trans-acting proteins that bind cis-regulatory elements (CREs) in DNA to control gene expression. Here, we analyzed the genomic localization profiles of 529 sequence-specific TFs and 151 cofactors and chromatin regulators in the human cancer cell line HepG2, for a total of 680 broadly termed DNA-associated proteins (DAPs). We used this deep collection to model each TF's impact on gene expression, and identified a cohort of 26 candidate transcriptional repressors. We examine high occupancy target (HOT) sites in the context of three-dimensional genome organization and show biased motif placement in distal-promoter connections involving HOT sites. We also found a substantial number of closed chromatin regions with multiple DAPs bound, and explored their properties, finding that a MAFF/MAFK TF pair correlates with transcriptional repression. Altogether, these analyses provide novel insights into the regulatory logic of the human cell line HepG2 genome and show the usefulness of large genomic analyses for elucidation of individual TF functions.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
影响因子：
5
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
8.8
作者：
Agarwal, Vikram;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
30.8
作者：
Fulco, Charles P.;Nasser, Joseph;Engreitz, Jesse M.
通讯作者：
Engreitz, Jesse M.