BarcodingR: an integrated r package for species identification using DNA barcodes
BarcodingR: an integrated r package for species identification using DNA barcodes
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DOI：
10.1111/2041-210x.12682
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发表时间：
2017-05
影响因子：
6.6
通讯作者：
A. Zhang;Meng-di Hao;Cai-qing Yang;Zhi-yong Shi
中科院分区：
文献类型：
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作者：
A. Zhang;Meng-di Hao;Cai-qing Yang;Zhi-yong Shi
最近，通过 DNA 条形码进行物种识别已成为许多使用 DNA 序列数据的生物多样性项目中的一项重要且常规的任务。在这里，我们展示了 BarcodingR，一个集成软件包，它提供了物种识别方法的全面实现，包括人工智能、模糊集、贝叶斯和基于 kmer 的方法，这些方法在其他软件包中是不可用的。 BarcodingR还提供了条形码评估、条形码差距分析、划界比较分析、物种成员分析和共识识别的新功能。使用 11 个经验数据集与其他条形码方法进行比较表明，平均而言，FZKMER（在 BarcodingR 中实现）和一种现有的条形码方法 BRONX 优于本研究中检查的所有其他方法。另外两种方法 BP 和 FZ（均在 BarcodingR 中实现）分别呈现与 SVM 和 BLOG 相似的性能，并且都显示出比 Jrip 更好的性能。 BarcodingR 软件是 GNU 通用公共许可证下的开源软件，可免费用于所有主要操作系统。
Species identification via DNA barcodes has recently become an important and routine task in many biodiversity projects using DNA sequence data. Here, we present BarcodingR, an integrated software package that provides a comprehensive implementation of species identification methods, including artificial intelligence, fuzzy‐set, Bayesian and kmer‐based methods, that are not readily available in other packages. BarcodingR additionally provides new functions for barcode evaluation, barcoding gap analysis, delimitation comparison analysis, species membership analysis and consensus identification. Comparison with other barcoding methods using 11 empirical data sets indicates that on average, FZKMER (implemented in BarcodingR) and one extant barcoding method BRONX outperform all other methods examined in this study. Two other methods, BP and FZ (both implemented in BarcodingR), present similar performance as SVM and BLOG, respectively, and all display better performance than that of Jrip. The software of BarcodingR is open source under GNU General Public License and freely available for all major operating systems.