Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT.
Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101729
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发表时间：
2022-12-16
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ohler, Uwe
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hsu, Che-Wei;Shahan, Rachel;Nolan, Trevor M.;Benfey, Philip N.;Ohler, Uwe
我们描述了一种使用 scKB 和 COPILOT 对单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 原始数据进行快速、非任意质量控制的协议。 scKB是kallisto和bustools的包装脚本，用于加速比对和转录本计数矩阵生成，其运行速度明显快于流行的工具Cell Ranger。然后，COPILOT 通过比较低质量和高质量单元的分布来提供非任意背景噪声消除。总之，该协议简化了处理工作流程，并为新的 scRNA-seq 用户提供了一个简单的入口。有关该协议的使用和执行的完整详细信息，请参阅。简化原始 scRNA-seq 数据的处理流程 通过 scKB（kallisto 和 Bustool）实现读取的快速对齐 通过 COPILOT 进行非任意和基于分布的质量控制 新手 scRNA-seq 用户轻松入门 发布者注：进行任何实验方案都需要遵守当地实验室安全和道德机构指南。我们描述了一种使用 scKB 和 COPILOT 对单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 原始数据进行快速、非任意质量控制的协议。 scKB是kallisto和bustools的包装脚本，用于加速比对和转录本计数矩阵生成，其运行速度明显快于流行的工具Cell Ranger。然后，COPILOT 通过比较低质量和高质量单元的分布来提供非任意背景噪声消除。总之，该协议简化了处理工作流程，并为新的 scRNA-seq 用户提供了一个简单的入口。
We describe a protocol to perform fast and non-arbitrary quality control of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) raw data using scKB and COPILOT. scKB is a wrapper script of kallisto and bustools for accelerated alignment and transcript count matrix generation, which runs significantly faster than the popular tool Cell Ranger. COPILOT then offers non-arbitrary background noise removal by comparing distributions of low-quality and high-quality cells. Together, this protocol streamlines the processing workflow and provides an easy entry for new scRNA-seq users. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Streamlined processing pipeline for raw scRNA-seq data Fast alignment of reads enabled by scKB (kallisto and bustools) Non-arbitrary and distribution-based quality control by COPILOT Easy entry for novice scRNA-seq users Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. We describe a protocol to perform fast and non-arbitrary quality control of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) raw data using scKB and COPILOT. scKB is a wrapper script of kallisto and bustools for accelerated alignment and transcript count matrix generation, which runs significantly faster than the popular tool Cell Ranger. COPILOT then offers non-arbitrary background noise removal by comparing distributions of low-quality and high-quality cells. Together, this protocol streamlines the processing workflow and provides an easy entry for new scRNA-seq users.
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