Equilibrium sampling in biomolecular simulations.
Equilibrium sampling in biomolecular simulations.
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DOI：
10.1146/annurev-biophys-042910-155255
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发表时间：
2011
影响因子：
12.4
通讯作者：
Zuckerman DM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zuckerman DM
经过30多年的原子模拟，生物分子的平衡取样仍然是一个未满足的挑战。努力提高采样能力，这是审查这里，范围从新算法的开发并行化的新用途的硬件。特别关注的是分类算法-其中大多数是由几个关键的想法-为了了解他们的基本优势和局限性。虽然算法已经激增，新的硬件使用所带来的进展似乎比单纯的算法更明确，部分原因是缺乏广泛使用的采样措施。
Equilibrium sampling of biomolecules remains an unmet challenge after more than 30 years of atomistic simulation. Efforts to enhance sampling capability, which are reviewed here, range from the development of new algorithms to parallelization to novel uses of hardware. Special focus is placed on classifying algorithms — most of which are underpinned by a few key ideas — in order to understand their fundamental strengths and limitations. Although algorithms have proliferated, progress resulting from novel hardware use appears to be more clear-cut than from algorithms alone, partly due to the lack of widely used sampling measures.
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影响因子：
4.4
作者：
Christen, M;van Gunsteren, WF
通讯作者：
van Gunsteren, WF
DOI：
10.1073/pnas.0811065106
发表时间：
2009-03-24
影响因子：
11.1
作者：
Dror, Ron O.;Arlow, Daniel H.;Shaw, David E.
通讯作者：
Shaw, David E.
影响因子：
3
作者：
Beck, David A. C.;White, George W. N.;Daggett, Valerie
通讯作者：
Daggett, Valerie
影响因子：
4.4
作者：
Calvo, F
通讯作者：
Calvo, F
影响因子：
3.3
作者：
Ding, Ying;Mamonov, Artem B.;Zuckerman, Daniel M.
通讯作者：
Zuckerman, Daniel M.