High-resolution interrogation of functional elements in the noncoding genome.
High-resolution interrogation of functional elements in the noncoding genome.
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DOI：
10.1126/science.aaf7613
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发表时间：
2016-09-30
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sanjana NE;Wright J;Zheng K;Shalem O;Fontanillas P;Joung J;Cheng C;Regev A;Zhang F
非编码基因组影响基因调控和疾病，但我们缺乏快速识别和操纵非编码元件的工具。我们开发了一个CRISPR筛选，使用了大约18,000个针对>；700 kb的sgRNAs，这些基因环绕着NF1、NF2和CUL3基因，这些基因参与了黑色素瘤对BRAF抑制剂的抵抗。我们发现，调控耐药性的非编码位置也具有非编码功能的预测性特征。通过CUL3基因座的一组区域，我们证明了工程突变改变了转录因子的占有率和远程和局部的表观遗传环境，暗示这些位置与基因调控和化疗耐药有关。通过我们对集合CRISPR筛选的潜力的扩展，我们为基因组发现和阐明与生物相关的基因调控机制提供了工具。集合CRISPR突变识别非编码基因组中的功能元件。
The noncoding genome affects gene regulation and disease, yet we lack tools for rapid identification and manipulation of noncoding elements. We develop a CRISPR screen employing ~18,000 sgRNAs targeting >700 kb surrounding the genes NF1, NF2, and CUL3, which are involved in BRAF inhibitor resistance in melanoma. We find that noncoding locations that modulate drug resistance also harbor predictive hallmarks of noncoding function. With a subset of regions at the CUL3 locus, we demonstrate that engineered mutations alter transcription factor occupancy and long-range and local epigenetic environments, implicating these sites in gene regulation and chemotherapeutic resistance. Though our expansion of the potential of pooled CRISPR screens we provide tools for genomic discovery and for elucidating biologically relevant mechanisms of gene regulation. Pooled CRISPR mutagenesis identifies functional elements in the noncoding genome.
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影响因子：
7
作者：
Kwasnieski JC;Fiore C;Chaudhari HG;Cohen BA
通讯作者：
Cohen BA
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium
DOI：
10.1126/science.1222794
发表时间：
2012-09-07
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Maurano MT;Humbert R;Rynes E;Thurman RE;Haugen E;Wang H;Reynolds AP;Sandstrom R;Qu H;Brody J;Shafer A;Neri F;Lee K;Kutyavin T;Stehling-Sun S;Johnson AK;Canfield TK;Giste E;Diegel M;Bates D;Hansen RS;Neph S;Sabo PJ;Heimfeld S;Raubitschek A;Ziegler S;Cotsapas C;Sotoodehnia N;Glass I;Sunyaev SR;Kaul R;Stamatoyannopoulos JA
通讯作者：
Stamatoyannopoulos JA
DOI：
10.4161/15384101.2014.949201
发表时间：
2014
期刊：
Cell cycle (Georgetown, Tex.)
影响因子：
--
作者：
Mundade R;Ozer HG;Wei H;Prabhu L;Lu T
通讯作者：
Lu T
DOI：
10.1073/pnas.0903103106
发表时间：
2009-06-09
影响因子：
11.1
作者：
Hindorff, Lucia A.;Sethupathy, Praveen;Manolio, Teri A.
通讯作者：
Manolio, Teri A.