Spatial arrangement of DNA-dependent RNA polymerase of Escherichia coli and DNA in the specific complex. A neutron small angle scattering study.
Spatial arrangement of DNA-dependent RNA polymerase of Escherichia coli and DNA in the specific complex. A neutron small angle scattering study.
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大肠杆菌 DNA 依赖性 RNA 聚合酶和 DNA 在特定复合物中的空间排列。
DOI：
10.1016/0022-2836(88)90443-3
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发表时间：
1988
影响因子：
5.6
通讯作者：
H. Crespi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
H. Heumann;H. Lederer;G. Baer;R. May;J. Kjems;H. Crespi
在本文中，我们证明中子小角散射是研究大型特定蛋白质-DNA 复合物空间排列的合适方法。我们研究了大肠杆菌 DNA 依赖性 RNA 聚合酶和含有噬菌体 T7 强启动子 A1 的 130 个碱基对 DNA 片段的复合物。复合物与氘的对比变化使我们能够在原位“可视化”RNA 聚合酶或 DNA 或这两种成分。从相应的散射曲线可以得出以下信息：1.(1)复合物形成引起的RNA聚合酶和DNA的构象变化：分离和复合组分的散射曲线的比较表明，通过特定的复合物形成，RNA聚合酶的横截面减小，而DNA片段不发生总体构象变化。2.(2)RNA聚合酶和DNA在特定复合物中的空间排列：从复合物的横截面回转半径可得出RNA重心之间的正常距离dn聚合酶和DNA片段的轴被推导为5.0(±0.3)nm。在这些和足迹数据的基础上，提出了RNA聚合酶-启动子复合物的低分辨率模型。该模型的主要特点是将 RNA 聚合酶仅定位在 DNA 的一侧。
In this paper we demonstrate that neutron small angle scattering is a suitable method to study the spatial arrangement of large specific protein-DNA complexes. We studied the complex of DNA-dependent RNA polymerase ofEscherichia coliand a 130 base-pair DNA fragment containing the strong promoter A1of bacteriophage T7.Contrast variation of the complex with deuterium allowed us to “visualize” either RNA polymerase, or DNA, or both componentsin situ. From the corresponding scattering curves information was derived about:1.(1) Conformational changes of RNA polymerase and DNA by complex formation: comparison of the scattering profiles of the isolated and complexed components showed that by specific complex formation the cross-section of RNA polymerase decreases, while the DNA fragment does not undergo a gross conformational change.2.(2) The spatial arrangement of RNA polymerase and DNA in the specific complex: from the cross-sectional radii of gyration of the complex the normal distancednbetween the centre of gravity of the RNA polymerase and the axis of the DNA fragment was derived as 5.0(±0.3)nm.On the basis of these and footprinting data a low resolution model of the RNA polymerase-promoter complex is proposed. The main feature of this model is the positioning of RNA polymerase to only one side of the DNA.
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