Genome-wide array-based CGH for mantle cell lymphoma:: identification of homozygous deletions of the proapoptotic gene BIM
Genome-wide array-based CGH for mantle cell lymphoma:: identification of homozygous deletions of the proapoptotic gene BIM
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DOI：
10.1038/sj.onc.1208300
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发表时间：
2005-02-17
期刊：
影响因子：
8
通讯作者：
Seto, M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tagawa, H;Karnan, S;Seto, M
套细胞淋巴瘤（MCL）的特征是11 q13染色体易位和CCND 1过表达，但其他基因组变化也是淋巴瘤发生的重要因素。为了在更高的分辨率下识别MCL的基因组畸变，我们使用基于阵列的比较基因组杂交（阵列CGH）分析了29个患者样本和7个细胞系，该比较基因组杂交由2348个人工染色体克隆组成，以1.3兆碱基分辨率覆盖整个基因组。确定的基因组畸变的发生率通常高于染色体CGH确定的发生率。阵列CGH检测到的最常见的不平衡是染色体3q 26（48%）、7 p21（34%）、6p 25（24%）、8 q24（24%）、10 p12（21%）和17 q23（17%）的增加，以及染色体2 p11（83%）、11 q22（59%）、13 q21（55%）、1p21-p22（52%），13q34（52%），9q22（45%），17p13（45%），9p21（41%），9p24（41%），6q23-q24（38%），1p36（31%），8p23（34%），10p14（31%），19p13（28%），5q21（21%），22 q12（21%）、1 q42（17%）和2 q13（17%）。我们的分析还发现了位于1 p36，1q42.2-q43，2p11.2，2 q13，17p13.3和19p13.2-p13.3的几个新的复发性丢失区域，以及纯合丢失的复发区域，如2 p11（IgK），2 q13和9p21.3-p24.1（INK 4a/ARF）。在后者中，我们研究了2 q13缺失，这导致了促凋亡基因BIM的纯合缺失的鉴定。高分辨率阵列CGH技术允许精确鉴定基因组畸变，并将BIM鉴定为MCL中新的候选抑癌基因。
Mantle cell lymphoma (MCL) is characterized by 11q13 chromosomal translocation and CCND1 overexpression, but additional genomic changes are also important for lymphomagenesis. To identify the genomic aberrations of MCL at higher resolutions, we analysed 29 patient samples and seven cell lines using array-based comparative genomic hybridization (array CGH) consisting of 2348 artificial chromosome clones, which cover the whole genome at a 1.3 mega base resolution. The incidence of identified genomic aberrations was generally higher than that determined with chromosomal CGH. The most frequent imbalances detected by array CGH were gains of chromosomes 3q26 (48%), 7p21 (34%), 6p25 (24%), 8q24 (24 %), 10p12 (21 %) and 17q23 (17 %), and losses of chromosomes 2p11 (83%), 11q22 (59%), 13q21 (55%), 1p21-p22 (52%), 13q34 (52%), 9q22 (45%), 17p13 (45%), 9p21 (41%), 9p24 (41%), 6q23-q24 (38%), 1p36 (31%), 8p23 (34%), 10p14 (31%), 19p13 (28%), 5q21 (21%), 22q12 (21%), 1q42 (17%) and 2q13 (17%). Our analyses also detected several novel recurrent regions of loss located at 1p36, 1q42.2-q43, 2p11.2, 2q13, 17p13.3 and 19p13.2-p13.3, as well as recurrent regions of homozygous loss such as 2p11 (IgK), 2q13 and 9p21.3-p24.1 (INK4a/ARF). Of the latter, we investigated the 2q13 loss, which led to identification of homozygous deletions of the proapoptotic gene BIM. The high-resolution array CGH technology allowed for the precise identification of genomic aberrations and identification of BIM as a novel candidate tumor suppressor gene in MCL.