ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
ClonalFrameML: efficient inference of recombination in whole bacterial genomes.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1004041
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发表时间：
2015-02
影响因子：
4.3
通讯作者：
Wilson DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Didelot X;Wilson DJ
进化是细菌进化的一个重要力量，但重建基因组样本祖先中发生的输入仍然具有挑战性。在这里，我们提出了ClonalFrameML，它使用最大似然推断，同时检测细菌基因组中的重组，并在系统发育重建中考虑它。ClonalFrameML可以在几个小时内分析数百个基因组，我们在模拟和真实的数据集上证明了它的实用性。我们发现了与艰难梭菌ST 6中的移动的元件相关的重组热点和金黄色葡萄球菌ST 582中先前未描述的310 kb染色体置换的证据。ClonalFrameML可在www.example.com上免费获得。
Recombination is an important evolutionary force in bacteria, but it remains challenging to reconstruct the imports that occurred in the ancestry of a genomic sample. Here we present ClonalFrameML, which uses maximum likelihood inference to simultaneously detect recombination in bacterial genomes and account for it in phylogenetic reconstruction. ClonalFrameML can analyse hundreds of genomes in a matter of hours, and we demonstrate its usefulness on simulated and real datasets. We find evidence for recombination hotspots associated with mobile elements in Clostridium difficile ST6 and a previously undescribed 310kb chromosomal replacement in Staphylococcus aureus ST582. ClonalFrameML is freely available at http://clonalframeml.googlecode.com/.
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影响因子：
56.3
作者：
Grad, Yonatan H.;Kirkcaldy, Robert D.;Trees, David;Dordel, Janina;Harris, Simon R.;Goldstein, Edward;Weinstock, Hillard;Parkhill, Julian;Hanage, William P.;Bentley, Stephen;Lipsitch, Marc
通讯作者：
Lipsitch, Marc
影响因子：
3.3
作者：
Didelot, Xavier;Falush, Daniel
通讯作者：
Falush, Daniel
影响因子：
9.4
作者：
Gordon NC;Price JR;Cole K;Everitt R;Morgan M;Finney J;Kearns AM;Pichon B;Young B;Wilson DJ;Llewelyn MJ;Paul J;Peto TE;Crook DW;Walker AS;Golubchik T
通讯作者：
Golubchik T
影响因子：
3.3
作者：
Dingle KE;Elliott B;Robinson E;Griffiths D;Eyre DW;Stoesser N;Vaughan A;Golubchik T;Fawley WN;Wilcox MH;Peto TE;Walker AS;Riley TV;Crook DW;Didelot X
通讯作者：
Didelot X
影响因子：
12.3
作者：
Didelot X;Eyre DW;Cule M;Ip CL;Ansari MA;Griffiths D;Vaughan A;O'Connor L;Golubchik T;Batty EM;Piazza P;Wilson DJ;Bowden R;Donnelly PJ;Dingle KE;Wilcox M;Walker AS;Crook DW;Peto TE;Harding RM
通讯作者：
Harding RM