Genome-wide mapping of protein-DNA damage interaction by PADD-seq.
Genome-wide mapping of protein-DNA damage interaction by PADD-seq.
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通过 PADD-seq 绘制蛋白质与 DNA 损伤相互作用的全基因组图谱
DOI：
10.1093/nar/gkad008
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发表时间：
2023-04-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hu, Jinchuan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu, Yongchang;Tan, Yuanqing;Li, Lin;Xiang, Yuening;Huang, Yanchao;Zhang, Xiping;Yin, Jiayong;Li, Jie;Lan, Fei;Qian, Maoxiang;Hu, Jinchuan
蛋白质-DNA 损伤相互作用对于理解 DNA 修复和损伤反应机制至关重要。然而，由于紫外线引起的损伤和其他 DNA 大加合物的分布相对随机，测量蛋白质与基因组中这些损伤之间的相互作用具有挑战性。为了解决这个问题，我们开发了一种名为蛋白质相关 DNA 损伤测序 (PADD-seq) 的新方法，该方法使用 Damage-seq 来检测染色质免疫沉淀富集的 DNA 片段中的损伤分布。利用该策略可以在碱基分辨率下描述全基因组蛋白质-DNA 损伤相互作用。使用 PADD-seq，我们观察到 RNA 聚合酶 II (Pol II) 被模板链上紫外线诱导的损伤所阻断，并且在转录偶联修复熟练的细胞中，相互作用在 2 小时内下降。另一方面，在同一时间过程中，在缺乏转录修复偶联因子 CSB 的情况下，Pol II 明显被限制在损伤位点。此外，我们使用 PADD-seq 检查顺铂引起的损伤周围赖氨酸 9 (H3K9ac) 的 H3 乙酰化的局部变化，证明了该方法的广泛实用性。总之，这种新方法为在基因组水平上监测蛋白质-DNA损伤相互作用的动态提供了强大的工具，并鼓励对DNA修复和损伤反应的综合研究。
Protein–DNA damage interactions are critical for understanding the mechanism of DNA repair and damage response. However, due to the relatively random distributions of UV-induced damage and other DNA bulky adducts, it is challenging to measure the interactions between proteins and these lesions across the genome. To address this issue, we developed a new method named Protein-Associated DNA Damage Sequencing (PADD-seq) that uses Damage-seq to detect damage distribution in chromatin immunoprecipitation-enriched DNA fragments. It is possible to delineate genome-wide protein–DNA damage interactions at base resolution with this strategy. Using PADD-seq, we observed that RNA polymerase II (Pol II) was blocked by UV-induced damage on template strands, and the interaction declined within 2 h in transcription-coupled repair-proficient cells. On the other hand, Pol II was clearly restrained at damage sites in the absence of the transcription–repair coupling factor CSB during the same time course. Furthermore, we used PADD-seq to examine local changes in H3 acetylation at lysine 9 (H3K9ac) around cisplatin-induced damage, demonstrating the method's broad utility. In conclusion, this new method provides a powerful tool for monitoring the dynamics of protein–DNA damage interaction at the genomic level, and it encourages comprehensive research into DNA repair and damage response.
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影响因子：
64.8
作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
16
作者：
Lake, Robert J.;Geyko, Anastasia;Fan, Hua-Ying
通讯作者：
Fan, Hua-Ying
DOI：
10.1073/pnas.1614430113
发表时间：
2016-10-11
影响因子：
11.1
作者：
Hu, Jinchuan;Lieb, Jason D.;Adar, Sheera
通讯作者：
Adar, Sheera
影响因子：
64.8
作者：
Kokic G;Wagner FR;Chernev A;Urlaub H;Cramer P
通讯作者：
Cramer P
DOI：
10.1073/pnas.1706522114
发表时间：
2017-06-27
影响因子：
11.1
作者：
Hu, Jinchuan;Adebali, Ogun;Sancar, Aziz
通讯作者：
Sancar, Aziz