Hybrid selection for sequencing pathogen genomes from clinical samples.
Hybrid selection for sequencing pathogen genomes from clinical samples.
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DOI：
10.1186/gb-2011-12-8-r73
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发表时间：
2011-08-11
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Neafsey DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Melnikov A;Galinsky K;Rogov P;Fennell T;Van Tyne D;Russ C;Daniels R;Barnes KG;Bochicchio J;Ndiaye D;Sene PD;Wirth DF;Nusbaum C;Volkman SK;Birren BW;Gnirke A;Neafsey DE
我们已经适应了解决方案的混合选择协议，以丰富的病原体DNA占主导地位的人类遗传物质的临床样本。使用模拟混合物的人和恶性疟原虫疟疾寄生虫的DNA，以及感染患者的临床样本，我们证明了平均约40倍的富集寄生虫DNA杂交选择后。这种方法将使来自临床样本的病原体的有效基因组测序成为可能，以及生活在不同后生动物门内的内共生生物体（如沃尔巴克氏体）的测序成为可能。
We have adapted a solution hybrid selection protocol to enrich pathogen DNA in clinical samples dominated by human genetic material. Using mock mixtures of human and Plasmodium falciparum malaria parasite DNA as well as clinical samples from infected patients, we demonstrate an average of approximately 40-fold enrichment of parasite DNA after hybrid selection. This approach will enable efficient genome sequencing of pathogens from clinical samples, as well as sequencing of endosymbiotic organisms such as Wolbachia that live inside diverse metazoan phyla.
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DOI：
10.1056/nejmoa1010536
发表时间：
2011-04-28
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Truman RW;Singh P;Sharma R;Busso P;Rougemont J;Paniz-Mondolfi A;Kapopoulou A;Brisse S;Scollard DM;Gillis TP;Cole ST
通讯作者：
Cole ST
影响因子：
2.9
作者：
Singer, VL;Jones, LJ;Haugland, RP
通讯作者：
Haugland, RP
DOI：
10.1080/00034983.1973.11686885
发表时间：
1973-01-01
影响因子：
--
作者：
RICHARDS, WH;WILLIAMS, SG
通讯作者：
WILLIAMS, SG
影响因子：
4.5
作者：
Van Tyne D;Park DJ;Schaffner SF;Neafsey DE;Angelino E;Cortese JF;Barnes KG;Rosen DM;Lukens AK;Daniels RF;Milner DA Jr;Johnson CA;Shlyakhter I;Grossman SR;Becker JS;Yamins D;Karlsson EK;Ndiaye D;Sarr O;Mboup S;Happi C;Furlotte NA;Eskin E;Kang HM;Hartl DL;Birren BW;Wiegand RC;Lander ES;Wirth DF;Volkman SK;Sabeti PC
通讯作者：
Sabeti PC
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard