Detection of sequence variations in the adenomatous polyposis coli (APC) gene using denaturing high-performance liquid chromatography.
Detection of sequence variations in the adenomatous polyposis coli (APC) gene using denaturing high-performance liquid chromatography.
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使用变性高效液相色谱检测腺瘤性结肠息肉病 (APC) 基因的序列变异。
DOI：
10.1089/109065701753617408
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Richards,CS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu,G;Wu,W;Hegde,M;Fawkner,M;Chong,B;Love,D;Su,LK;Lynch,P;Snow,K;Richards,CS
我们已经评估了变性高效液相色谱（dHPLC）扫描腺瘤性结肠息肉病（APC）基因的点突变，小缺失和插入的有用性。 我们的检测包括28套引物扩增APC基因的15个外显子。在96孔板中使用相同的反应条件同时扩增所有PCR反应，然后进行分析 通过dHPLC，使用经验确定的部分片段变性的最佳温度。采用dHPLC分析了47例家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者的DNA样本 并且所有突变都被正确鉴定并通过序列分析证实。这种方法确定了外显子6中的单碱基替换和外显子15中的2-bp插入，最初没有被插入。 通过单链构象多态性（SSCP）分析检测。APC基因第15外显子2065 delG（密码子689）的一个新突变，以前未被蛋白质截短检测到 试验（PTT）也通过dHPLC鉴别。我们在灵敏度和特异性方面对dHPLC技术用于APC基因分析进行了验证研究，并将其与当前的标准扫描进行了比较 包括PTT、SSCP和构象敏感凝胶电泳（CSGE）的技术。
We have evaluated the usefulness of denaturing high performance liquid chromatography (dHPLC) for scanning the adenomatous polyposis coli (APC) gene for point mutations, small deletions, and insertions. Our assay consists of 28 sets of primers to amplify the 15 exons of the APC gene. All PCR reactions were amplified simultaneously using the same reaction conditions in a 96-well format and then analyzed by dHPLC, using empirically determined optimum temperatures for partial fragment denaturation. Previously studied DNA specimens from 47 familial adenomatous polyposis (FAP) patients were analyzed by dHPLC and all mutations were correctly identified and confirmed by sequence analysis. This approach identified a single-base substitution in exon 6 and a 2-bp insertion in exon 15 that initially had not been detected by single-strand conformational polymorphism (SSCP) analysis. A novel mutation in exon 15 of theAPCgene, 2065delG (codon 689) that had previously been undetected by the protein truncation test (PTT) was also identified by dHPLC. We present our validation studies of dHPLC technology forAPCgene analysis in terms of sensitivity and specificity and compare it to current standard scanning technologies including PTT, SSCP, and conformational sensitive gel electrophoresis (CSGE).
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