Crystal structure of an IdeR-DNA complex reveals a conformational change in activated IdeR for base-specific interactions.
Crystal structure of an IdeR-DNA complex reveals a conformational change in activated IdeR for base-specific interactions.
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IdeR-DNA 复合物的晶体结构揭示了激活的 IdeR 中碱基特异性相互作用的构象变化。
DOI：
10.1016/j.jmb.2004.07.083
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发表时间：
2004
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hol,WimGJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wisedchaisri,Goragot;Holmes,RandallK;Hol,WimGJ
铁依赖性调节因子（IdeR）是结核分枝杆菌中调节这种主要病原体铁摄取的必需蛋白。在高铁浓度下，IdeR结合到几个操纵子区域并抑制靶基因的转录。在这里，我们报告的第一个晶体结构的钴激活IdeR绑定到mbtA-mbtB运营商在2.75 μ m的分辨率。IdeR与DNA结合为“双二聚体”复合物，其中两个二聚体位于DNA双链体的相对侧，二聚体轴偏离约157°。不对称单元含有两个这样的双二聚体复合物，总分子量为240 kDa。两个金属结合位点完全被SH 3样第三结构域占据，采用“楔形”位置与其他两个结构域相互作用，并为每个不对称单元的所有八个亚基中的金属位点1提供两个配体。一个假定的钠离子被观察到介导Asp 35和DNA之间的相互作用。DNA结合结构域中存在构象变化，这是由螺旋-转角-螺旋基序在与DNA结合时相对于分子的其余部分旋转6-9°引起的。Ser 37和Pro39与保守的胸腺嘧啶碱基发生特异性相互作用，而Gln 43与不同亚基中不同类型的碱基发生非特异性接触。“p1 s2 C3 T4 a5”碱基识别模式被认为是每个IdeR亚基与IdeR-DNA复合物结构中的DNA的关键相互作用的基础。
The iron-dependent regulator (IdeR) is an essential protein in Mycobacterium tuberculosis that regulates iron uptake in this major pathogen. Under high iron concentrations, IdeR binds to several operator regions and represses transcription of target genes. Here, we report the first crystal structure of cobalt-activated IdeR bound to the mbtA-mbtB operator at 2.75Å resolution. IdeR binds to the DNA as a “double-dimer” complex with two dimers on opposite sides of the DNA duplex with the dimer axes deviating approximately 157°. The asymmetric unit contains two such double-dimer complexes with a total molecular mass of 240kDa. Two metal-binding sites are fully occupied with the SH3-like third domain adopting a “wedge” position to interact with the two other domains, and providing two ligands for the metal site 1 in all eight subunits per asymmetric unit. A putative sodium ion is observed to mediate interactions between Asp35 and DNA. There is a conformational change in the DNA-binding domain caused by a 6–9° rotation of the helix-turn-helix motif with respect to the rest of the molecule upon binding to the DNA. Ser37 and Pro39 make specific interactions with conserved thymine bases while Gln43 makes non-specific contacts with different types of bases in different subunits. A “p1s2C3T4a5” base recognition pattern is proposed to be the basis for key interactions for each IdeR subunit with the DNA in the IdeR–DNA complex structure.
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铁依赖性调节器
DOI：
10.1002/0470028637.met161
发表时间：
1999
影响因子：
11.1
作者：
M. Feese;E. Pohl;R. Holmes;W. Hol
通讯作者：
W. Hol
影响因子：
2.9
作者：
Chen, CSY;White, A;Ringe, D
通讯作者：
Ringe, D
结核分枝杆菌铁依赖性调节因子的晶体结构（2.0-Å 分辨率）揭示了 Src 同源结构域 3 状折叠和第三结构域的金属结合功能*
影响因子：
4.8
作者：
M. Feese;B. P. Ingason;J. Goranson;R. Holmes;W. Hol
通讯作者：
W. Hol
DOI：
10.1002/0470028637.met268
发表时间：
2006-04
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
A. Messerschmidt;R. Huber;Thomas Poulas;K. Wieghardt;M. Cygler;W. Bode
通讯作者：
A. Messerschmidt;R. Huber;Thomas Poulas;K. Wieghardt;M. Cygler;W. Bode
结核分枝杆菌铁依赖性调节因子 (IdeR) 的晶体结构显示两个金属结合位点均被完全占据。
DOI：
10.1006/jmbi.1998.2339
发表时间：
1999
期刊：
Journal of molecular biology.
影响因子：
--
作者：
Pohl,E;Holmes,RK;Hol,WG
通讯作者：
Hol,WG