冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究
冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究
复制标题
DOI：
10.19540/j.cnki.cjcmm.20190829.102
复制
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
国锦琳
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
张涵;王芳;白静;董强;童锌芯;袁媛;国锦琳
为探究冬虫夏草转录组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息,开发冬虫夏草SSR分子标记奠定基础,该研究利用MISA(MicroSatellite)软件对冬虫夏草转录组拼接获得的16 875 unigene进行SSR位点数据挖掘,并使用Primer 3.0软件设计引物。研究发现,冬虫夏草转录组中4 252条unigene含有5 899个SSR位点,出现频率为34.99%,平均每7 952 bp出现1个SSR位点,以单核苷酸和三核苷酸重复为主,分别占总数的42.5%,38.48%。SSR序列中共包括74种基序类型,C/G和CCG/CGG是优势重复单元。6种SSR重复类型的重复次数集中于5~ 12次,长度大多小于24 bp。通过引物设计软件,共筛选得到12 282对引物,随机挑选的20对引物用于有效性检测,19对引物扩增出条带,引物有效率为95%。10对引物扩增出清晰、可重复特异性条带,其中引物P1具显著多态性。此外,经GO与KEGG功能注释后发现,含有SSR位点的unigene主要与遗传和环境功能相关。上述结果表明冬虫夏草转录组SSR位点出现频率较高、基元类型丰富、多态性较高,具有较高的可用性,为其遗传多样性分析、资源鉴定保护、基因功能研究等方面提供了丰富的候选分子标记。