EF-Tu and EF-G are activated by allosteric effects
EF-Tu and EF-G are activated by allosteric effects
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EF-Tu 和 EF-G 由变构效应激活
DOI：
10.1073/pnas.1800054115
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Warshel, Arieh
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mondal, Dibyendu;Warshel, Arieh
许多细胞过程是由GTP酶控制的，并且获得对这些过程的激活的定量理解一直是一个重大挑战。特别是，它是至关重要的，以获得可靠的自由能表面的相关反应路径在解决方案和GTP酶活性位点。在这里，我们重新审视能量的激活EF-G和EF-Tu的核糖体和探索的性质的催化GTdR反应。EF-Tu与EF-G的比较使我们能够探索EF-Tu可用结构的可能问题的影响。此外，突变效应被用来仔细验证新出现的结论。结果表明，该反应既可以通过双水机理进行，也可以通过单水（GTP为碱）机理进行。然而，在这两种情况下，激活涉及结构变构效应，这可能是所有GTP酶的通用激活机制。
Many cellular processes are controlled by GTPases, and gaining quantitative understanding of the activation of such processes has been a major challenge. In particular, it is crucial to obtain reliable free-energy surfaces for the relevant reaction paths both in solution and in GTPases active sites. Here, we revisit the energetics of the activation of EF-G and EF-Tu by the ribosome and explore the nature of the catalysis of the GTPase reaction. The comparison of EF-Tu to EF-G allows us to explore the impact of possible problems with the available structure of EF-Tu. Additionally, mutational effects are used for a careful validation of the emerging conclusions. It is found that the reaction may proceed by both a two-water mechanism and a one-water (GTP as a base) mechanism. However, in both cases, the activation involves a structural allosteric effect, which is likely to be a general-activation mechanism for all GTPases.
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影响因子：
6.1
作者：
Kamerlin SC;Sharma PK;Prasad RB;Warshel A
通讯作者：
Warshel A
DOI：
10.1016/j.bbapap.2006.08.007
发表时间：
2006-11
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
A. Warshel;P. K. Sharma;Mitsunori Kato;W. W. Parson-W.
通讯作者：
A. Warshel;P. K. Sharma;Mitsunori Kato;W. W. Parson-W.
癌蛋白 p21ras 中 GTP 和 GDP 结合的静电控制。
影响因子：
5.7
作者：
I. Muegge;T. Schweins;R. Langen;A. Warshel
通讯作者：
A. Warshel
影响因子：
4.6
作者：
Åqvist J;Kamerlin SC
通讯作者：
Kamerlin SC
勘误表：易位前状态下 EF-G-核糖体复合物的结构
DOI：
--
发表时间：
2015
期刊：
Nature Structural &Molecular Biology
影响因子：
--
作者：
Yun Chen;S. Feng;Veerendra Kumar;R. Ero;Yonggui Gao
通讯作者：
Yonggui Gao