Detection of low-frequency DNA variants by targeted sequencing of the Watson and Crick strands.
Detection of low-frequency DNA variants by targeted sequencing of the Watson and Crick strands.
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DOI：
10.1038/s41587-021-00900-z
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发表时间：
2021-10
影响因子：
46.9
通讯作者：
Vogelstein B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cohen JD;Douville C;Dudley JC;Mog BJ;Popoli M;Ptak J;Dobbyn L;Silliman N;Schaefer J;Tie J;Gibbs P;Tomasetti C;Papadopoulos N;Kinzler KW;Vogelstein B
尽管下一代测序技术的基线错误率有所改善，但低频突变的鉴定和定量仍然具有挑战性。在这里，我们描述了一种称为SaferSeqS的方法，该方法通过（1）在模板分子的沃森和克里克链中有效引入相同的分子条形码和（2）用链特异性PCR富集靶序列来解决这些挑战。该方法实现了高灵敏度和特异性，并检测频率低于1/100，000 DNA模板分子的变体，背景突变率<5 × 10−7突变体/碱基对（bp）。我们证明它可以评估单个扩增子中的突变或同时在多个扩增子中的突变，评估有限量的无细胞DNA，两条链的回收率高，并将现有基于PCR的分子条形码方法的错误率降低>100倍。
Identification and quantification of low-frequency mutations remain challenging despite improvements in the baseline error rate of next-generation sequencing technologies. Here, we describe a method, termed SaferSeqS, that addresses these challenges by (1) efficiently introducing identical molecular barcodes in the Watson and Crick strands of template molecules and (2) enriching target sequences with strand-specific PCR. The method achieves high sensitivity and specificity and detects variants at frequencies below 1 in 100,000 DNA template molecules with a background mutation rate of <5 × 10−7 mutants per base pair (bp). We demonstrate that it can evaluate mutations in a single amplicon or simultaneously in multiple amplicons, assess limited quantities of cell-free DNA with high recovery of both strands and reduce the error rate of existing PCR-based molecular barcoding approaches by >100-fold.
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以高效率和极高的准确性对小型基因组靶标进行测序。
影响因子：
48
作者：
Schmitt, Michael W.;Fox, Edward J.;Prindle, Marc J.;Reid-Bayliss, Kate S.;True, Lawrence D.;Radich, Jerald P.;Loeb, Lawrence A.
通讯作者：
Loeb, Lawrence A.
DOI：
10.1073/pnas.1208715109
发表时间：
2012-09-04
影响因子：
11.1
作者：
Schmitt, Michael W.;Kennedy, Scott R.;Loeb, Lawrence A.
通讯作者：
Loeb, Lawrence A.
影响因子：
46.9
作者：
Dou, Yanmei;Kwon, Minseok;Park, Peter J.
通讯作者：
Park, Peter J.
影响因子：
46.9
作者：
Newman AM;Lovejoy AF;Klass DM;Kurtz DM;Chabon JJ;Scherer F;Stehr H;Liu CL;Bratman SV;Say C;Zhou L;Carter JN;West RB;Sledge GW;Shrager JB;Loo BW Jr;Neal JW;Wakelee HA;Diehn M;Alizadeh AA
通讯作者：
Alizadeh AA
影响因子：
64.8
作者：
Miller, Webb;Drautz, Daniela I.;Schuster, Stephan C.
通讯作者：
Schuster, Stephan C.