Use of TSAR, Thermal Shift Analysis in R, to identify Folic Acid as a Molecule that Interacts with HIV-1 Capsid.
Use of TSAR, Thermal Shift Analysis in R, to identify Folic Acid as a Molecule that Interacts with HIV-1 Capsid.
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使用 TSAR（R 中的热位移分析）来识别叶酸作为与 HIV-1 衣壳相互作用的分子。
DOI：
10.1101/2023.11.29.569293
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Sarafianos,SG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gao,X;McFadden,WM;Wen,X;Emanuelli,A;Lorson,ZC;Zheng,H;Kirby,KA;Sarafianos,SG
热位移分析（TSA）是一种研究蛋白质相互作用的多功能生物物理技术。在这里，我们报告了一个免费的开源软件工具TSAR（R中的热位移分析），以加速和自动化分析来自单个实验或大屏幕化学库的热位移数据。TSAR软件包集成了多个动态工作流，以促进TSA数据的分析，并返回可用于出版的图形或处理结果。此外，该软件包包括一个图形用户界面（GUI），使非程序员易于使用，旨在简化TSA分析，同时多样化的可视化。为了验证TSAR的实用性，我们筛选了维生素的化学文库，以鉴定与人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）衣壳蛋白（CA）相互作用的分子。我们的数据表明，六聚体CA与叶酸在体外相互作用。
Thermal shift assay (TSA) is a versatile biophysical technique for studying protein interactions. Here, we report a free, open-source software tool TSAR (Thermal Shift Analysis in R) to expedite and automate the analysis of thermal shift data derived either from individual experiments or large screens of chemical libraries. The TSAR package incorporates multiple, dynamic workflows to facilitate the analysis of TSA data and returns publication-ready graphics or processed results. Further, the package includes a graphic user interface (GUI) that enables easy use by non-programmers, aiming to simplify TSA analysis while diversifying visualization. To exemplify the utility of TSAR we screened a chemical library of vitamins to identify molecules that interact with the capsid protein (CA) of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1). Our data show that hexameric CA interacts with folic acid in vitro.