Genetic association of miRNA-146a with systemic lupus erythematosus in Europeans through decreased expression of the gene.
Genetic association of miRNA-146a with systemic lupus erythematosus in Europeans through decreased expression of the gene.
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DOI：
10.1038/gene.2011.84
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发表时间：
2012-04
影响因子：
5
通讯作者：
Alarcón-Riquelme ME
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Löfgren SE;Frostegård J;Truedsson L;Pons-Estel BA;D'Alfonso S;Witte T;Lauwerys BR;Endreffy E;Kovács L;Vasconcelos C;Martins da Silva B;Kozyrev SV;Alarcón-Riquelme ME
最近的一项全基因组关联研究揭示了 PTTG1 和 microRNA (miR-146a) 基因之间基因间区域的一个变异 (rs2431697)，该变异与 SLE 易感性相关。在这里，我们通过病例对照设计分析了该变异和该区域的其他候选多态性以及表达分析，以阐明这种关联与哪个基因相关。通过 TaqMan 检测对 1324 名 SLE 患者和 1453 名欧洲血统的健康对照者进行了 SNP rs2431697、rs2910164 和 rs2277920 的基因分型。使用 Unphased 对遗传关联进行统计分析。通过定量实时 PCR 评估 PBMC 中 PTTG1、miRNA miR-3142 以及初级和成熟形式 miR-146a 的基因表达。在分析的三个变体中，只有 rs2431697 与欧洲人的 SLE 有遗传相关性。基因表达分析显示，该 SNP 与 PTTG1 表达水平无关，但与 microRNA-146a 相关，其中风险等位基因与 miRNA 的较低表达相关。我们在欧洲人的一项病例对照研究中复制了 rs2341697 与 SLE 的遗传关联，并证明该 SNP 的风险等位基因与 miRNA 146a 的下调相关，这在 SLE 病因学中可能很重要。
A recent genome-wide association study revealed a variant (rs2431697) in an intergenic region, between the PTTG1 and microRNA (miR-146a) genes, associated with SLE susceptibility. Here, we analyzed with a case-control design this variant and other candidate polymorphisms in this region together with expression analysis in order to clarify to which gene this association is related. The SNPs rs2431697, rs2910164 and rs2277920 were genotyped by TaqMan assays in 1324 SLE patients and 1453 healthy controls of European ancestry. Genetic association was statistically analyzed using Unphased. Gene expression of PTTG1, the miRNAs miR-3142 and primary and mature form of miR-146a in PBMCs were assessed by quantitative real-time PCR. Of the three variants analyzed only rs2431697 was genetically associated with SLE in Europeans. Gene expression analysis revealed that this SNP was not associated with PTTG1 expression levels, but with the microRNA-146a, where the risk allele correlates with lower expression of the miRNA. We replicated the genetic association of rs2341697 with SLE in a case-control study in Europeans and demonstrated that the risk allele of this SNP correlates with a downregulation of the miRNA 146a, potentially important in SLE etiology.
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作者：
Balasubramanyam, M.;Aravind, S.;Mohan, V.
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Mittal, Rama Devi;Gangwar, Ruchika;Kapoor, Rakesh
通讯作者：
Kapoor, Rakesh
DOI：
10.1073/pnas.0802682105
发表时间：
2008-05-20
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作者：
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de la Chapelle, Albert
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