Extensive regulation of the non-coding transcriptome by hypoxia: role of HIF in releasing paused RNApol2.
Extensive regulation of the non-coding transcriptome by hypoxia: role of HIF in releasing paused RNApol2.
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DOI：
10.1002/embr.201337642
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发表时间：
2014-01
期刊：
影响因子：
7.7
通讯作者：
Mole, David R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choudhry, Hani;Schoedel, Johannes;Oikonomopoulos, Spyros;Camps, Carme;Grampp, Steffen;Harris, Adrian L.;Ratcliffe, Peter J.;Ragoussis, Jiannis;Mole, David R.
缺氧是缺血性和肿瘤性疾病的中心。然而，对缺氧的非编码转录反应在很大程度上是未知的。我们利用大规模平行测序对非编码和编码转录本进行了完整的基因组分析，并将这些数据与低氧细胞中低氧诱导因子(HIF)和RNApol2结合的泛基因组分析相结合。这些分析表明，所有类别的RNA都受到缺氧的深刻调控，并暗示HIF是非编码和编码转录组的主要直接调节因子，主要通过释放预先结合的启动子暂停的RNApol2来发挥作用。这些发现表明，对低氧的转录反应比以前认为的要广泛得多。
Hypoxia is central to both ischaemic and neoplastic diseases. However, the non-coding transcriptional response to hypoxia is largely uncharacterized. We undertook integrated genomic analyses of both non-coding and coding transcripts using massively parallel sequencing and interfaced this data with pan-genomic analyses of hypoxia-inducible factor (HIF) and RNApol2 binding in hypoxic cells. These analyses revealed that all classes of RNA are profoundly regulated by hypoxia and implicated HIF as a major direct regulator of both the non-coding and coding transcriptome, acting predominantly through release of pre-bound promoter-paused RNApol2. These findings indicate that the transcriptional response to hypoxia is substantially more extensive than previously considered.
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影响因子：
14.9
作者：
Wollenick K;Hu J;Kristiansen G;Schraml P;Rehrauer H;Berchner-Pfannschmidt U;Fandrey J;Wenger RH;Stiehl DP
通讯作者：
Stiehl DP
影响因子：
16
作者：
Ng, HH;Robert, F;Struhl, K
通讯作者：
Struhl, K
影响因子：
14.9
作者：
Ortiz-Barahona A;Villar D;Pescador N;Amigo J;del Peso L
通讯作者：
del Peso L
影响因子：
20.3
作者：
Schoedel, Johannes;Oikonomopoulos, Spyros;Mole, David R.
通讯作者：
Mole, David R.
DOI：
10.1016/j.bbamcr.2010.01.010
发表时间：
2010-04-01
影响因子：
5.1
作者：
Matouk, Imad J.;Mezan, Shaul;Hochberg, Abraham
通讯作者：
Hochberg, Abraham