EAGER: efficient ancient genome reconstruction.
EAGER: efficient ancient genome reconstruction.
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DOI：
10.1186/s13059-016-0918-z
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发表时间：
2016-03-31
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Nieselt K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Peltzer A;Jäger G;Herbig A;Seitz A;Kniep C;Krause J;Nieselt K
在古基因组分析中，基因组序列的自动重建是一个多方面的过程。在这里，我们介绍EAGER，一个时间效率高的管道，它大大简化了大规模基因组数据集的分析。EAGER提供了预处理、映射、认证和评估古代DNA样本质量的功能。此外，EAGER还包括对样本进行基因分型以发现、过滤和分析变异的工具。EAGER包括每个步骤的最先进的工具，以及为单一集成解决方案中的古老DNA数据量身定制的新补充工具，这些工具以易于访问的格式提供。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-016-0918-z）包含补充材料，可供授权用户使用。
The automated reconstruction of genome sequences in ancient genome analysis is a multifaceted process. Here we introduce EAGER, a time-efficient pipeline, which greatly simplifies the analysis of large-scale genomic data sets. EAGER provides features to preprocess, map, authenticate, and assess the quality of ancient DNA samples. Additionally, EAGER comprises tools to genotype samples to discover, filter, and analyze variants. EAGER encompasses both state-of-the-art tools for each step as well as new complementary tools tailored for ancient DNA data within a single integrated solution in an easily accessible format. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-016-0918-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.