Cluster analysis of the codon use frequency of MHC genes from different species
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DOI：
10.1016/s0303-2647(02)00016-3
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发表时间：
2002-03-01
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Lu, ZH
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Ma, JM;Zhou, T;Lu, ZH
采用层次聚类法对4种哺乳动物（智人、黑猩猩、猕猴和褐家鼠）135个MHC基因的相对同义密码子使用频率进行了分析。结果表明，基因功能是决定密码子使用偏好的主导因素，而物种是决定功能相似基因密码子使用偏好进一步差异的次要因素。这一结论对基因分类和基因功能预测有一定的参考价值。(C)2002爱思唯尔科学爱尔兰有限公司保留所有权利。
The relative synonymous codon use frequency of 135 MHC genes from four mammal species (Homo sapiens, Pan troglodyte, Macaca mulanta and Rattus norvegicus) is analyzed using a hierarchical cluster method. The result suggests that gene function is the dominant factor that determines codon usage bias, while species is a minor factor that determines further difference in codon usage bias for genes with similar functions. The conclusion may be useful in gene classification and gene function prediction. (C) 2002 Elsevier Science Ireland Ltd. All rights reserved.