TSVdb: a web-tool for TCGA splicing variants analysis.
TSVdb: a web-tool for TCGA splicing variants analysis.
复制标题
TSVdb：用于 TCGA 剪接变体分析的网络工具
DOI：
10.1186/s12864-018-4775-x
复制
发表时间：
2018-05-29
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Zhang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun W;Duan T;Ye P;Chen K;Zhang G;Lai M;Zhang H
背景合作项目如癌症基因组图谱（TCGA）已经产生了关于癌症的各种组学和临床数据。已经开发了许多计算工具，以便于使用TCGA数据研究肿瘤的分子特征。选择性剪接的基因产生剪接变异体，并积累的证据已经揭示了其在癌症相关过程中的重要作用，这意味着迫切需要发现肿瘤特异性异构体，并揭示其在tumorigenes.ResultWe开发的TSVdb，基于网络的工具，探索选择性剪接的基础上TCGA样品与30个临床变量从33肿瘤。TSVdb有一个集成的和比例均匀的界面，用于可视化临床数据，基因表达，外显子/连接和剪接模式的使用。研究人员可以解释临床亚组之间或跨临床亚组的异构体表达差异，并估计异构体与患者预后之间的关系。TSVdb位于 http://www.tsvdb.com ，源代码可在 https://github.com/wenjie1991/TSVdb 结论TSVdb基因将对肿瘤学家起到启发作用，并将促进肿瘤研究在异构体水平上的进展。
BackgroundCollaborative projects such as The Cancer Genome Atlas (TCGA) have generated various -omics and clinical data on cancer. Many computational tools have been developed to facilitate the study of the molecular characterization of tumors using data from the TCGA. Alternative splicing of a gene produces splicing variants, and accumulating evidence has revealed its essential role in cancer-related processes, implying the urgent need to discover tumor-specific isoforms and uncover their potential functions in tumorigenesis.ResultWe developed TSVdb, a web-based tool, to explore alternative splicing based on TCGA samples with 30 clinical variables from 33 tumors. TSVdb has an integrated and well-proportioned interface for visualization of the clinical data, gene expression, usage of exons/junctions and splicing patterns. Researchers can interpret the isoform expression variations between or across clinical subgroups and estimate the relationships between isoforms and patient prognosis. TSVdb is available at http://www.tsvdb.com , and the source code is available at https://github.com/wenjie1991/TSVdb .ConclusionTSVdb will inspire oncologists and accelerate isoform-level advances in cancer research.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Ryan M;Wong WC;Brown R;Akbani R;Su X;Broom B;Melott J;Weinstein J
通讯作者：
Weinstein J
影响因子：
4.4
作者：
Koch A;De Meyer T;Jeschke J;Van Criekinge W
通讯作者：
Van Criekinge W
影响因子：
16
作者：
Anczuków O;Akerman M;Cléry A;Wu J;Shen C;Shirole NH;Raimer A;Sun S;Jensen MA;Hua Y;Allain FH;Krainer AR
通讯作者：
Krainer AR
DOI：
10.1109/tvcg.2015.2467911
发表时间：
2016-01
影响因子：
5.2
作者：
Strobelt H;Alsallakh B;Botros J;Peterson B;Borowsky M;Pfister H;Lex A
通讯作者：
Lex A
影响因子：
12.3
作者：
Conesa A;Madrigal P;Tarazona S;Gomez-Cabrero D;Cervera A;McPherson A;Szcześniak MW;Gaffney DJ;Elo LL;Zhang X;Mortazavi A
通讯作者：
Mortazavi A