A benchmarking study of SARS-CoV-2 whole-genome sequencing protocols using COVID-19 patient samples.
A benchmarking study of SARS-CoV-2 whole-genome sequencing protocols using COVID-19 patient samples.
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DOI：
10.1016/j.isci.2021.102892
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发表时间：
2021-08-20
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Wang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu T;Chen Z;Chen W;Chen X;Hosseini M;Yang Z;Li J;Ho D;Turay D;Gheorghe CP;Jones W;Wang C
严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）是一种新兴的新型冠状病毒，导致COVID-19大流行和前所未有的全球卫生紧急情况。SARS-CoV-2的全基因组测序（WGS）在了解该疾病方面起着关键作用。SARS-CoV-2病毒WGS技术之间存在性能差异，但目前还没有比较不同WGS测序方案的基准研究。我们比较了七种不同的SARS-CoV-2 WGS文库方案，使用来自患者鼻咽拭子样本的RNA，在两种储存条件下，低和高病毒输入。我们发现在可映射性和基因组覆盖率方面存在很大差异，并且在不同方案中单核苷酸变体调用的灵敏度，再现性和精确度方面存在差异。对于某些基于扩增子的方案，适当的引物修剪步骤对于准确的单核苷酸变体识别至关重要。我们根据六个不同的指标对协议的性能进行了排名。我们的研究结果为选择合适的WGS协议来表征SARS-CoV-2及其演变提供了指导。7种不同SARS-CoV-2基因组测序方案的基准比较基于基因组覆盖率和SNV检测的方案性能排名引起了对Qiagen Amplicon方案中SNV调用的引物掩蔽的关注提出了从掩蔽的基因组区域进行正确SNV调用的生物信息学补救措施生物科学;分子生物学;微生物学;病毒学;组学
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is an emerging new type of coronavirus that is responsible for the COVID-19 pandemic and the unprecedented global health emergency. Whole-genome sequencing (WGS) of SARS-CoV-2 plays a critical role in understanding the disease. Performance variation exists across SARS-CoV-2 viral WGS technologies, but there is currently no benchmarking study comparing different WGS sequencing protocols. We compared seven different SARS-CoV-2 WGS library protocols using RNA from patient nasopharyngeal swab samples under two storage conditions with low and high viral inputs. We found large differences in mappability and genome coverage, and variations in sensitivity, reproducibility, and precision of single-nucleotide variant calling across different protocols. For certain amplicon-based protocols, an appropriate primer trimming step is critical for accurate single-nucleotide variant calling. We ranked the performance of protocols based on six different metrics. Our findings offer guidance in choosing appropriate WGS protocols to characterize SARS-CoV-2 and its evolution. Benchmarking comparison on seven different SARS-CoV-2 genome sequencing protocols Ranked protocol performances based on genome coverage and SNV detection Raised concern of primer-masking on SNV calling from Qiagen Amplicon protocol Proposed bioinformatics remedy on making correct SNV call from masked genome regions Biological sciences; Molecular biology; Microbiology; Virology; Omics
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影响因子：
168.9
作者：
Huang, Chaolin;Wang, Yeming;Cao, Bin
通讯作者：
Cao, Bin
影响因子：
168.9
作者：
Chan, Jasper Fuk-Woo;Yuan, Shuofeng;Yuen, Kwok-Yung
通讯作者：
Yuen, Kwok-Yung
影响因子：
7
作者：
Koboldt, Daniel C.;Zhang, Qunyuan;Wilson, Richard K.
通讯作者：
Wilson, Richard K.
影响因子：
5.8
作者：
Bates, Douglas;Maechler, Martin;Walker, Steven C.
通讯作者：
Walker, Steven C.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp324
发表时间：
2009-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Durbin R
通讯作者：
Durbin R