Network analysis of oyster transcriptome revealed a cascade of cellular responses during recovery after heat shock.
Network analysis of oyster transcriptome revealed a cascade of cellular responses during recovery after heat shock.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0035484
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang L;Hou R;Su H;Hu X;Wang S;Bao Z
牡蛎作为海洋双壳类的主要类群，能够耐受包括热胁迫在内的各种自然和人为胁迫。近年来的研究表明，热激预处理可以诱导牡蛎的耐热性。对热休克后细胞恢复的系统研究可能有助于深入了解获得性热耐受的机制。在这项研究中，我们进行了第一次网络分析牡蛎转录组重新分析微阵列数据从以前的研究。网络分析揭示了牡蛎热休克后恢复过程中的级联反应，并确定了响应基因模块和关键基因。我们的研究证明了网络分析在基因注释不佳的非模式生物中的作用，这可能会导致新的发现，而不仅仅是关注单个基因。
Oysters, as a major group of marine bivalves, can tolerate a wide range of natural and anthropogenic stressors including heat stress. Recent studies have shown that oysters pretreated with heat shock can result in induced heat tolerance. A systematic study of cellular recovery from heat shock may provide insights into the mechanism of acquired thermal tolerance. In this study, we performed the first network analysis of oyster transcriptome by reanalyzing microarray data from a previous study. Network analysis revealed a cascade of cellular responses during oyster recovery after heat shock and identified responsive gene modules and key genes. Our study demonstrates the power of network analysis in a non-model organism with poor gene annotations, which can lead to new discoveries that go beyond the focus on individual genes.
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WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
DOI：
10.1523/jneurosci.3136-11.2012
发表时间：
2012-02-01
期刊：
The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
影响因子：
--
作者：
Ponomarev I;Wang S;Zhang L;Harris RA;Mayfield RD
通讯作者：
Mayfield RD
影响因子：
4.9
作者：
Chen, GH;Huang, LT;Chen, SCG
通讯作者：
Chen, SCG
影响因子：
4.8
作者：
Havasi, Andrea;Li, Zhijian;Borkan, Steven C.
通讯作者：
Borkan, Steven C.
影响因子：
8
作者：
Rebbaa, A;Zheng, X;Mirkin, BL
通讯作者：
Mirkin, BL