Efficient and crucial quality control of HAP1 cell ploidy status.
Efficient and crucial quality control of HAP1 cell ploidy status.
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DOI：
10.1242/bio.057174
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发表时间：
2020-11-12
期刊：
影响因子：
2.4
通讯作者：
Aksnes H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beigl TB;Kjosås I;Seljeseth E;Glomnes N;Aksnes H
近单倍体人类细胞系HAP 1最近成为CRISPR/Cas9编辑的热门对象，因为只有一个等位基因需要修饰。通过Horizon Discovery的基因编辑服务，目前有超过7500个编辑过的细胞系可用，而且数量还在不断增加。HAP 1的单倍体性质是不稳定的，因为培养物随着时间变成二倍体。在这里，我们证明了单倍体和二倍体HAP 1细胞之间的一些根本差异，因此强调了在表型鉴定之前控制HAP 1培养物中的倍性状态的需要。因此，我们优化了通过流式细胞术测定HAP 1倍性的程序，以获得二倍体培养物，并避免倍性状态作为实验中的干扰变量。此外，为了促进这种质量控制，我们验证了基于大小的细胞分选程序，以更快地获得二倍体培养物。因此，我们在这里提供了两个简化的协议，用于质量控制的HAP 1细胞的倍性，并证明其有效性和必要性。总结：分享一种有效的程序来质量控制近单倍体HAP 1细胞，以与CRISPR/Cas9修饰版本进行标准化比较，并证明需要控制HAP 1培养物的自发二倍体化。
The near-haploid human cell line HAP1 recently became a popular subject for CRISPR/Cas9 editing, since only one allele requires modification. Through the gene-editing service at Horizon Discovery, there are at present more than 7500 edited cell lines available and the number continuously increases. The haploid nature of HAP1 is unstable as cultures become diploid with time. Here, we demonstrated some fundamental differences between haploid and diploid HAP1 cells, hence underlining the need for taking control over ploidy status in HAP1 cultures prior to phenotyping. Consequently, we optimized a procedure to determine the ploidy of HAP1 by flow cytometry in order to obtain diploid cultures and avoid ploidy status as an interfering variable in experiments. Furthermore, in order to facilitate this quality control, we validated a size-based cell sorting procedure to obtain the diploid culture more rapidly. Hence, we provide here two streamlined protocols for quality controlling the ploidy of HAP1 cells and document their validity and necessity. Summary: Sharing an effective procedure to quality control the near-haploid HAP1 cells for standardized comparison to CRISPR/Cas9 modified versions and demonstrating the need for controlling the spontaneous diploidization of HAP1 cultures.
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DOI：
10.1073/pnas.1718336115
发表时间：
2018-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Drazic A;Aksnes H;Marie M;Boczkowska M;Varland S;Timmerman E;Foyn H;Glomnes N;Rebowski G;Impens F;Gevaert K;Dominguez R;Arnesen T
通讯作者：
Arnesen T
影响因子：
8.8
作者：
Oishi K;Yamayoshi S;Kozuka-Hata H;Oyama M;Kawaoka Y
通讯作者：
Kawaoka Y
DOI：
10.1083/jcb.201701151
发表时间：
2018-07-02
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Yaguchi K;Yamamoto T;Matsui R;Tsukada Y;Shibanuma A;Kamimura K;Koda T;Uehara R
通讯作者：
Uehara R
DOI：
10.1083/jcb.201701024
发表时间：
2017-10-02
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Yang C;Wu J;de Heus C;Grigoriev I;Liv N;Yao Y;Smal I;Meijering E;Klumperman J;Qi RZ;Akhmanova A
通讯作者：
Akhmanova A
影响因子：
4
作者：
Capmany, Anahi;Yoshimura, Azumi;Schauer, Kristine
通讯作者：
Schauer, Kristine